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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于有参转录组比对率低的问题。求助
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果先生姓张

新虫 (小有名气)

[求助] 关于有参转录组比对率低的问题。求助 已有1人参与

各位虫友：
        您好。现有一关于有参转录组比对率低的问题向大家请教！
        本人所进行的试验为自毒物质对植物根系进行胁迫，研究根系边缘细胞（能够遇水自动脱落的细胞）基因表达水平的变化。将样品送公司以后达到了检测合格标准，但数据回来时发现有两个处理的三次重复比对率很低。其中CK和处理2（中浓度）的比对率在86%以上（这个属于正常），而处理1（低浓度）的比对率分别为45%，60%和77%%，处理3（高浓度）的比对率分别为29%，39%和45%。
        先想请教
        问题一：这是什么原因造成的呢？给公司打电话咨询也没有给出肯定回答，只说有可能是胁迫影响的，但是处理2（中浓度）的比对率在86%以上，如果是胁迫原因造成，处理2的比对率也应该降低才对。
        问题二：是否有虫友经历过此种情况呢？在写论文的时候，如何解释该问题？
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1楼 2021-12-04 14:07:01
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z58484

新虫 (初入文坛)
我也想知道，我也是测了一个，对比度很低，某大公司拖了我一年，依然不给解释。

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2楼2021-12-07 21:48:49
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yekongdea

铜虫 (职业作家)
这么低，没有办法解释，只能说结果不可用

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3楼2022-07-02 12:16:04
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BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

大概率是污染了，将序列比对到nt大概就知道被什么东西污染了
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4楼2022-07-03 19:42:42
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