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youngseason

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】做cscore只有部分分子打分完全,有一部分只有一项打分是怎么回事?(已解决)

我用sybyl里的cscore模块对对接后的小分子打分,结果只有列表的前面几千个有完整的5项打分,而列表后面的化合物只有第一项F SCORE的分数,其他项都是问号表示的。命令窗口显示:

WARNING:Atom id 5 has an invalid type B.2
Default Atom type of DU is assigned
WARNING:Atom id 5 has an invalid type B.2
Default Atom type of DU is assigned

这样重复两遍。请问有人知道是哪里出错了吗?谢谢!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:22 ]
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
mingdong(金币+2,VIP+0):感谢交流! 8-25 09:17
好像是后面原子类型有问题,你是用什么程序作的对接?可能与SYBYL有格式方面的不兼容。

解决办法:用KUNTZ的DOCK程序,应该可以。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
2楼2009-08-24 22:36:08
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youngseason

铁虫 (初入文坛)

★
fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励交流2 10-6 17:58
谢谢楼上的,我就是用DOCK4.0做的,但是很奇怪的是,我把一万多个分子分成几份之后再做CSCORE就一点问题都没有了,所以可能是一次不能有太多小分子打分吧,只是它报错报得很奇怪,让人以为是原子类型什么的有问题
3楼2009-08-28 10:22:51
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qustwq

木虫 (正式写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
问一下楼主sybyl可以计算对接能么?
4楼2009-12-01 21:26:57
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