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zcy800204

金虫 (正式写手)

[交流] 关于Diamond画节点图

各给虫友，在小木虫上学到了不少的东西，但关于用Diamond画节点图时，好多地方不明白，在小木虫上下载了Diamond软件简化节点，画五重穿插的拓扑图资料，并学着画，可以画出文献中的图，但是那篇资料中，如下图为什么设定亚原子键长为14.746和14.689，亚原子为什么选定为2个金属离子中间。
各位虫友，画节点图有什么规律，亚原子的选取，亚原子的键长设定等。非常感谢各位能交流自己画节点图的规律。
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1楼 2009-08-23 16:02:06
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zcy800204

金虫 (正式写手)
不能沉下去啊
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2楼2009-08-24 07:31:29
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wsujlu378

★ ★
zcy800204(金币+2,VIP+0): 8-24 09:00
拓扑结构分析的时候有一定的主观随意性，但是基本的精神是一致的，就是努力去把结构简化为易于观察的形式。节点的选取一般是基于金属和配体对结构的贡献，多核的SBU简化为一个节点的时候容易获得高链接的拓扑结构，选在金属多核的中心一般是基于这样的处理。
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3楼2009-08-24 07:43:02
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zcy800204

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wsujlu378 at 2009-8-24 07:43:
拓扑结构分析的时候有一定的主观随意性，但是基本的精神是一致的，就是努力去把结构简化为易于观察的形式。节点的选取一般是基于金属和配体对结构的贡献，多核的SBU简化为一个节点的时候容易获得高链接的拓扑结构 ...

我用Diamond 当在两个Cu原子之间插入亚原子时，计算了两个相邻的亚原子之间的距离是14.746和14.689，那是不是就说一般的节点之间的距离选择相邻亚原子间的距离呢，节点之间的距离选择有什么规律。另外，如果是单核，双配体呢，如二羧酸和4，4联吡啶形成的单核双配体，亚原子的选择有什么规律！

[ Last edited by zcy800204 on 2009-8-24 at 09:29 ]
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4楼2009-08-24 09:16:11
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)
★ ★
zcy800204(金币+2,VIP+0): 8-24 10:33
先看你原始结构的构型
看明白后再抽拓扑结构
选择节点或者插入假原子是根据你自己想要画出的拓扑结构为基础来画的
首先你所画出的结构一定要符合原始晶体结构
就是说没有键连的地方一定不要在拓扑结构中成键，有的也不能删掉
这种结构只是看起来更简单直观
而不是随心所欲的画
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但行好事 莫问前程 _______ 渤海之滨 黄河之津 书生侠骨 义薄惊云
5楼2009-08-24 10:27:37
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zhf_wx2002

木虫 (著名写手)

江南才子
★ ★
zcy800204(金币+2,VIP+0): 8-25 08:29
建议楼主先用拓扑程序画拓扑图，再由拓扑结果用DIAMOND画。这样就很明白为什么了
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江南第一才子
6楼2009-08-24 19:21:03
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zcy800204

金虫 (正式写手)
★
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 8-27 09:51
引用回帖:
Originally posted by zhf_wx2002 at 2009-8-24 19:21:
建议楼主先用拓扑程序画拓扑图，再由拓扑结果用DIAMOND画。这样就很明白为什么了

用TOPOS软件分析，有时也不好弄。
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7楼2009-08-25 07:32:58
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