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[交流]
求助AP-PCR及序列比对的问题，谢谢
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各位大虾，小弟刚刚开始利用转座子插入筛选目标基因，有些问题不太懂，想请教一下大家，谢谢啦~~~ 1.筛选出的疑似菌，利用菌落做Arbitrary PCR，感觉PCR的条带都是比较小的，实验室师兄说一般的AP-PCR条带是100-300bp左右。我跑电泳之后看的条带都是只有100多bp，请问在做AP-PCR的时候有些什么需要注意的地方，好提高AP-PCR的效果。 2.AP-PCR产物测序后的结果，在NCBI的Blast里面比对，用blastx说是没有匹配的。用nucleotide blast时，Database选择的是Others，Nucleotide collection，进行比对的。这样有没有问题啊？ 3.贴上两个比对的结果，请大家帮我看看，解释一下都是什么意思啊？ 第一个： >gb|CP001485.1| Vibrio cholerae MJ-1236 chromosome 1, complete sequence Length=3149584 Features in this part of subject sequence: regulatory protein LuxO Score = 52.8 bits (28), Expect = 2e-04 Identities = 28/28 (100%), Gaps = 0/28 (0%) Strand=Plus/Minus Query 22 TATGTCCTCATGGTAGAAGACACGGCGT 49 |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2573561 TATGTCCTCATGGTAGAAGACACGGCGT 2573534 像这样的只有28bp匹配可以说明问题不？ 第二个： >gb|CP001486.1| Vibrio cholerae MJ-1236 chromosome 2, complete sequence Length=1086784 Features flanking this part of subject sequence: 52 bp at 5' side: acyl-CoA synthetase 239 bp at 3' side: glycerol-3-phosphate transporter Score = 147 bits (79), Expect = 2e-32 Identities = 83/85 (97%), Gaps = 0/85 (0%) Strand=Plus/Minus Query 23 AATGTAGATTGAACGAAAATAAAACAGCTTCGTAAATTGAGTGTTGGAAGTGCAGATGGG 82 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 120542 AATGTAGATTGAACGAAAATAAAACAGTTTCGTAAATTGAGTGTTGGAAGTGCAGATGGG 120483 Query 83 GATAAGAAGAGAGGGAATGGGCGTa 107 |||||||||||||||||||| |||| Sbjct 120482 GATAAGAAGAGAGGGAATGGACGTA 120458 问题比较的弱，请大虾不要嘲笑，谢谢。在线等各位的回答，谢谢。  |
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