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铜虫 (初入文坛)

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[交流] 求助AP-PCR及序列比对的问题，谢谢

各位大虾，小弟刚刚开始利用转座子插入筛选目标基因，有些问题不太懂，想请教一下大家，谢谢啦~~~

1.筛选出的疑似菌，利用菌落做Arbitrary PCR，感觉PCR的条带都是比较小的，实验室师兄说一般的AP-PCR条带是100-300bp左右。我跑电泳之后看的条带都是只有100多bp，请问在做AP-PCR的时候有些什么需要注意的地方，好提高AP-PCR的效果。

2.AP-PCR产物测序后的结果，在NCBI的Blast里面比对，用blastx说是没有匹配的。用nucleotide blast时，Database选择的是Others，Nucleotide collection，进行比对的。这样有没有问题啊？

3.贴上两个比对的结果，请大家帮我看看，解释一下都是什么意思啊？

第一个：

>gb|CP001485.1|  Vibrio cholerae MJ-1236 chromosome 1, complete sequence
Length=3149584

Features in this part of subject sequence:
regulatory protein LuxO

Score = 52.8 bits (28),  Expect = 2e-04
Identities = 28/28 (100%), Gaps = 0/28 (0%)
Strand=Plus/Minus

Query  22    TATGTCCTCATGGTAGAAGACACGGCGT  49
            ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2573561  TATGTCCTCATGGTAGAAGACACGGCGT  2573534

像这样的只有28bp匹配可以说明问题不？

第二个：

>gb|CP001486.1|  Vibrio cholerae MJ-1236 chromosome 2, complete sequence
Length=1086784

Features flanking this part of subject sequence:
52 bp at 5' side: acyl-CoA synthetase
239 bp at 3' side: glycerol-3-phosphate transporter

Score =  147 bits (79),  Expect = 2e-32
Identities = 83/85 (97%), Gaps = 0/85 (0%)
Strand=Plus/Minus

Query  23    AATGTAGATTGAACGAAAATAAAACAGCTTCGTAAATTGAGTGTTGGAAGTGCAGATGGG  82
            ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  120542  AATGTAGATTGAACGAAAATAAAACAGTTTCGTAAATTGAGTGTTGGAAGTGCAGATGGG  120483

Query  83    GATAAGAAGAGAGGGAATGGGCGTa  107
            |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct  120482  GATAAGAAGAGAGGGAATGGACGTA  120458

问题比较的弱，请大虾不要嘲笑，谢谢。在线等各位的回答，谢谢。