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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】Autodock4和vina做对接，结果会有些什么明显区别？
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arthurii

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Autodock4和vina做对接，结果会有些什么明显区别？

初学，Autodock4做autogrid的时候老是出问题，于是就改用了vina。
想知道vina的那些参数
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
应该怎么评价？
还有感觉Autodock4的话还有很多设置，而vina感觉比较简单……请教两者都用过的朋友，给点建议或者谈谈感想？

很多autodock显示有问题的文件，vina都可以用，这一点颇多疑问的

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 22:00 ]
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1楼 2009-08-22 13:53:32
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tanlaixun
★
arthurii(金币+1):谢谢参与
顶。。。。
2楼2009-08-26 17:46:08
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liujunhero

新虫 (文学泰斗)

文献杰出贡献文献杰出贡献
★
arthurii(金币+1):谢谢参与
确实不是很懂的，帮顶了呢
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3楼2009-08-27 09:00:13
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2008911

银虫 (小有名气)
★
arthurii(金币+1):谢谢参与
不是很懂，帮顶！
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超光速
4楼2009-08-27 11:04:50
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shistory

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-15 16:29
autodock vina抛弃了遗传算法，回归了梯度优化寻找最小点。所以导致速度大大提高，而且可以多核并行，速度很快
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5楼2009-10-13 14:53:55
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syfnet

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-15 16:29
vina速度快了很多，可以考虑用来做虚拟筛选的粗筛。其打分比autodock相同情况下高不少，只作对接的话感觉还是用autodock

[ Last edited by syfnet on 2009-10-14 at 22:16 ]
赞一下(11人) 回复此楼
6楼2009-10-14 22:13:20
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