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求助用于绝对定量的菌悬液提取DNA的方法
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背景: 1. 菌悬液只包含大肠杆菌、铜绿假单胞菌、枯草芽孢杆菌(革兰氏阳性菌)。 2. 根据(不太准的)涂板的结果,菌悬液中细菌个体含量在10^4-10^12之间变化,并且因为实验处理中会加季铵盐杀死细菌,有时不太能直接用OD值估测个体含量。 3. 提取DNA后使用qPCR做绝对定量。 之前的经历: 一开始使用的试剂盒(天根)+溶菌酶,但是注意到说明书上写提取的细胞数量级在10^6-10^8之间,问了下客服说再多了可能会堵塞柱子。并且由于溶菌酶这一步的加入,整个提取DNA的时长增加了不少,所以想替换成其他的方法。溶菌酶想用玻璃珠(glass beads)替换以节省时长,试剂盒法想用煮沸法替换以突破数量级限制。同时如果煮沸法残留很多杂质的话,在冷却后再加入RNA酶和蛋白酶K。 问题: 1. 残留的RNA和蛋白质会影响DNA的qPCR的曲线吗? 2. 如果按照试剂盒说明加入RNA酶和蛋白酶K分解RNA和蛋白质,在做qPCR之前是否还需要去除剩余的物质(分解后的物质、这两个酶)?不清楚protocol上是否有步骤是做这步的?(说明书链接:https://pan.baidu.com/s/1VziNdgbXgAunwEg3XlMqdQ 提取码:6awy)(这个厂家技术能给说吗) 3. 为什么用玻璃珠法的比用溶菌酶法的protocol这么少,是有什么缺陷吗? |
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