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wxstongxue6161

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】菌种鉴定

各位大侠,菌种鉴定要经过几个步骤啊?真菌鉴定,有的说是18sRNA的序列分析,有的说要18sDNA的序列分析,是不是这两种方法都行啊?细菌鉴定就是16s18sRNA的序列分析啊?在进行序列分析的时候,是不是还的同时做生理生化实验?这是必须做的一项么?
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brightfuture01

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amisking(金币+4,VIP+0):欢迎发帖交流! 8-21 22:51
wxstongxue6161(金币+2,VIP+0): 8-21 23:14
看你的最终目的了,要鉴定到多细。一般的是做个16或者18SrRNA的序列比对,大致

把它归结于某个属,大多情况下都可以比对出和某属中的某种同源性最高。这是最为

简便的鉴定了,如果你的序列比对发现真个datebase里面的序列信息和你的菌的相似

性程度比较低,如95%以下,那很有可能就是新种了,这时候就可以做得更加详细,

光做生理生化还不行,还要作脂肪酸啊什么的,这样就可以发不错的文章。要是你的

序列和数据库中现有的序列相似性非常高,如98-99%-100%,那么除非你获得的

菌有某种性质,如产酶很高,可以作下生理生化,否则你就只是为了初步鉴定的话,

个人认为没有必要作生理生化了,没什么意义。
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2009-08-21 22:41:46
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wxstongxue6161

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2009-8-21 22:41:
看你的最终目的了,要鉴定到多细。一般的是做个16或者18SrRNA的序列比对,大致

把它归结于某个属,大多情况下都可以比对出和某属中的某种同源性最高。这是最为

简便的鉴定了,如果你的序列比对发现真个date ...

细菌的鉴定,用16 SrRNA和 16S rDNA 序列分析这两种方法都是鉴定细菌的方法么,哪个方法最常用?(还有就是 用18 SrRNA和 18S rDNA 序列分析这两种方法都是鉴定真菌的方法么,哪个方法最常用?)
谢谢
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3楼2009-08-21 23:18:56
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brightfuture01

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我记得鉴定真菌的时候是18SrRNA的可变区用的比较多,好像叫做 ITS 。Internal Transcribed Spacer,ITS,内转录间隔区。

[ Last edited by brightfuture01 on 2009-8-21 at 23:25 ]
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4楼2009-08-21 23:24:56
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johnsionzhang

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
运用16或者18SrRNA的序列比对,结合biolog碳源利用率数据比对。
5楼2009-08-28 11:44:34
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