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有何不可琼银虫 (著名写手)
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[交流]
均方位移分析
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计算VASP MD之后，大家一般用什么方式分析均方位移MSD 啊？ 我在网上看了一些资料，分别尝试了用vaspkit后处理和直接用VMD处理，但得到的效果差别很大。 如图： 第一个图是用vaspkit处理得到的，基本上满足随着时间增加，均方位移越来越大，因为我做的应该是个液体体系，我感觉这个更像一点。 第二个图是用VMD处理vasprun.xml文件得到的，这个我是参考了网上的一些教程。有不对齐，对齐的，有选择all的，也有选择某个原子的，我都试了下。看上去都是这种震荡的画风。网上给出的很多教程，也是这个风格。 但两者似乎完全不一样啊。 第一个做这个图，没啥经验。求有经验的同行指点一二，我做得哪里有问题？   发自小木虫Android客户端 |
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有何不可琼
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我已经弄明白了，两者不一样。 一个是均方根位移，RMSD，是判断结构是否稳定的一个指标。 一个是均方位移，MSD，是描述流体扩散性能的一个指数。   发自小木虫Android客户端 |
2楼2021-09-23 17:09:28
3楼2024-05-16 20:07:32