| 查看: 2652 | 回复: 2 | |||
| 【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 有何不可琼 的 20 个金币 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
有何不可琼银虫 (著名写手)
|
[交流]
均方位移分析
|
||
|
计算VASP MD之后，大家一般用什么方式分析均方位移MSD 啊？ 我在网上看了一些资料，分别尝试了用vaspkit后处理和直接用VMD处理，但得到的效果差别很大。 如图： 第一个图是用vaspkit处理得到的，基本上满足随着时间增加，均方位移越来越大，因为我做的应该是个液体体系，我感觉这个更像一点。 第二个图是用VMD处理vasprun.xml文件得到的，这个我是参考了网上的一些教程。有不对齐，对齐的，有选择all的，也有选择某个原子的，我都试了下。看上去都是这种震荡的画风。网上给出的很多教程，也是这个风格。 但两者似乎完全不一样啊。 第一个做这个图，没啥经验。求有经验的同行指点一二，我做得哪里有问题？   发自小木虫Android客户端 |
回复此楼» 猜你喜欢
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有21人回复
-
不自信的我
已经有5人回复
-
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有4人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
有何不可琼
银虫 (著名写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 2768.7
- 散金: 102
- 红花: 18
- 帖子: 1453
- 在线: 140.7小时
- 虫号: 1624331
- 注册: 2012-02-18
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
|
我已经弄明白了，两者不一样。 一个是均方根位移，RMSD，是判断结构是否稳定的一个指标。 一个是均方位移，MSD，是描述流体扩散性能的一个指数。   发自小木虫Android客户端 |
2楼2021-09-23 17:09:28