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有何不可琼银虫 (著名写手)
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VMD分析径向分布函数时max r的设置问题
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请问各位：用VDM分析径向分布函数g(r)的时候，这个界面max. r.要怎么设置呢？ 我分别设置2和5做了g（r）和g（r）的积分，峰值位置没啥影响，但其他部分，还有有一些影响的。网上有教程说：分析rdf时，横坐标也就是max r不能超过盒子最小边长的一半，也就是得满足最小映像约定。如果max r的取值大于盒子最小边长的一半，就有可能重复算到一个粒子和它的映像粒子，这使得程序的周期性判断失准。 这里的盒子最小边长是不是指晶格参数a，b，c的最小值？还是这个： 但，新版的VMD貌似没有这个unit cell设置的窗口了。请问大家一般怎么设的呢？@内工大_材料_vasp分子动力学   发自小木虫Android客户端 |
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有何不可琼
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2楼2021-09-21 16:17:47
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其实，过程中还遇到一些问题，比如，很多人说用vaspkit的405或者504功能，将VASP计算MD的输出文件中的XDATCAR文件转换成. pdb格式，再用VMD打开，但我用新版的vaspkit根本得不到正确的.pdb文件，每次都是空的，我怀疑那个功能只能用于扩散势垒的情况。最后是有群友告诉我，可以VMD可以直接处理vasprun得到g（r） 发自小木虫Android客户端 |
3楼2021-09-21 16:22:42
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4楼2021-09-21 16:23:57
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5楼2021-09-23 01:17:24