| 查看: 1637 | 回复: 5 | ||
| 【悬赏金币】回答本帖问题，作者有何不可琼将赠送您 20 个金币 | ||
有何不可琼银虫 (著名写手)
|
[求助]
VMD分析径向分布函数时max r的设置问题
|
|
|
请问各位：用VDM分析径向分布函数g(r)的时候，这个界面max. r.要怎么设置呢？ 我分别设置2和5做了g（r）和g（r）的积分，峰值位置没啥影响，但其他部分，还有有一些影响的。网上有教程说：分析rdf时，横坐标也就是max r不能超过盒子最小边长的一半，也就是得满足最小映像约定。如果max r的取值大于盒子最小边长的一半，就有可能重复算到一个粒子和它的映像粒子，这使得程序的周期性判断失准。 这里的盒子最小边长是不是指晶格参数a，b，c的最小值？还是这个： 但，新版的VMD貌似没有这个unit cell设置的窗口了。请问大家一般怎么设的呢？@内工大_材料_vasp分子动力学   发自小木虫Android客户端 |
回复此楼» 猜你喜欢
2026国自然函评费到账
已经有17人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有15人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有5人回复
-
跳槽后在研项目怎么办？
已经有10人回复
-
什么时候开奖？
已经有10人回复
-
今天放榜吗？
已经有16人回复
-
93BebMhtakh前后11位开头都是大写
已经有8人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有4人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有26人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有16人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
有何不可琼
银虫 (著名写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 2768.7
- 散金: 102
- 红花: 18
- 帖子: 1453
- 在线: 140.7小时
- 虫号: 1624331
- 注册: 2012-02-18
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2021-09-21 16:17:47
有何不可琼
银虫 (著名写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 2768.7
- 散金: 102
- 红花: 18
- 帖子: 1453
- 在线: 140.7小时
- 虫号: 1624331
- 注册: 2012-02-18
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
|
其实，过程中还遇到一些问题，比如，很多人说用vaspkit的405或者504功能，将VASP计算MD的输出文件中的XDATCAR文件转换成. pdb格式，再用VMD打开，但我用新版的vaspkit根本得不到正确的.pdb文件，每次都是空的，我怀疑那个功能只能用于扩散势垒的情况。最后是有群友告诉我，可以VMD可以直接处理vasprun得到g（r） 发自小木虫Android客户端 |
3楼2021-09-21 16:22:42
有何不可琼
银虫 (著名写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 2768.7
- 散金: 102
- 红花: 18
- 帖子: 1453
- 在线: 140.7小时
- 虫号: 1624331
- 注册: 2012-02-18
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
4楼2021-09-21 16:23:57
有何不可琼
银虫 (著名写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 2768.7
- 散金: 102
- 红花: 18
- 帖子: 1453
- 在线: 140.7小时
- 虫号: 1624331
- 注册: 2012-02-18
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
5楼2021-09-23 01:17:24
6楼2022-06-01 17:21:41
