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请问Amber中cluster的用法
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各位大神好！请问amber中，我想使用两个原子间的距离进行聚类，该如何输入命令？ 我看到 https://amberhub.chpc.utah.edu/cluster/ 网页中的Distance Metric Options提到了dme 和pairdist 。请问该怎么理解？特别是这个using atoms in <mask>. mask中的atom指的是什么？ dme [<mask>] Distance between frames calculated using distance-RMSD (aka DME, distrmsd) using atoms in <mask>. [pairdist <file>] File to use for loading/saving pairwise distances. |
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