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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】g_energy提取出来的静电项为什么比范德华项小这么多？
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】g_energy提取出来的静电项为什么比范德华项小这么多？

我想用g_energy提取出来的能量项来计算结合自由能，但是我提取出来的coul项（coul-LR + coul-SR）为什么比范德华项（LJ-LR + LJ-SR）小这么多啊，差了一个数量级还多？我看文献上别人算的这两个能量项基本是差不多的，都应该在100多kj/mol以上是正常的。

注：体系是“蛋白质-配体”复合物在水溶液中，配体有带两个电荷的，有带一个电荷的，有不带电荷的，静电项都大约在这么多，模拟用的gromacs , NPT系综，静电力计算方法为cut-offs

先谢谢各位！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 20:56 ]
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
1楼 2009-08-18 20:49:18
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
引用回帖:
Originally posted by linxi1454 at 2009/8/19 19:45:
为什么不用PB/GB处理？

这位虫子说的PB/GB方法是处理连续性介质模型中的静电作用的吧，我这里是加的显式溶剂呀
赞一下 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2009-08-19 23:00:30
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tpp001

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
问以下楼主你是怎么计算的coul-LR这项的?
赞一下(1人) 回复此楼
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
2楼2009-08-19 09:10:57
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linxi1454

银虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):感谢交流 8-23 20:02
为什么不用PB/GB处理？
赞一下(7人) 回复此楼
3楼2009-08-19 19:45:02
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bridgeqbf

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 10-23 10:27
maybe you use a very very small cut off or coulomb interaction
赞一下(11人) 回复此楼
6楼2009-10-22 23:10:56
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