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876576024kun新虫 (初入文坛)
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[求助]
H++输出的Amber力场文件，如何使用Gromacs进行模拟吗？
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Gromacs进行计算机模拟时，如法像Amber那样进行恒定pH模拟。因此，为了模拟不同pH条件下的蛋白质情况，可以通过蛋白质表面氨基酸的质子化状态模拟不同的pH条件。H++网站（https://biophysics.cs.vt.edu/）可以预测氨基酸的pKa值和设定不同pH条件下的蛋白质的质子化情况。但是输出的文件是Amber力场的文件，Gromacs识别不了，进行pdb2gmx 命令时，始终报错。不知道各位知不知道怎么解决，一篇论文中提到“The H ++ server automated the addition of missing protons to the PDB structures based on predicted pKs of titratable groups, and to generate basic topology MD simulations in the AMBER format. Then, the PDB2PQR version 2.0 applying the AMBER force-field and PROPKA was utilized to assess the charge, radius and deprotonation states at all specified pHs. Hydrogen atoms were added to the heavy and non-ionizable atoms of the pH-specified models, while steric hindrances and hydrogen-bond networks were resolved and optimized, respectively (Ghaderi et al., 2016). It is worth noting here, the PDB2PQR step is crucial for facilitating the setup and execution of continuum electrostatics calculations from the PDB data.” 请求各位，不知道你们是怎么模拟Gmx的不同pH条件的。 |
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2楼2021-07-13 16:21:01