| 查看: 1495 | 回复: 1 | ||
| 【悬赏金币】回答本帖问题，作者876576024kun将赠送您 20 个金币 | ||
876576024kun新虫 (初入文坛)
|
[求助]
H++输出的Amber力场文件，如何使用Gromacs进行模拟吗？
|
|
|
Gromacs进行计算机模拟时，如法像Amber那样进行恒定pH模拟。因此，为了模拟不同pH条件下的蛋白质情况，可以通过蛋白质表面氨基酸的质子化状态模拟不同的pH条件。H++网站（https://biophysics.cs.vt.edu/）可以预测氨基酸的pKa值和设定不同pH条件下的蛋白质的质子化情况。但是输出的文件是Amber力场的文件，Gromacs识别不了，进行pdb2gmx 命令时，始终报错。不知道各位知不知道怎么解决，一篇论文中提到“The H ++ server automated the addition of missing protons to the PDB structures based on predicted pKs of titratable groups, and to generate basic topology MD simulations in the AMBER format. Then, the PDB2PQR version 2.0 applying the AMBER force-field and PROPKA was utilized to assess the charge, radius and deprotonation states at all specified pHs. Hydrogen atoms were added to the heavy and non-ionizable atoms of the pH-specified models, while steric hindrances and hydrogen-bond networks were resolved and optimized, respectively (Ghaderi et al., 2016). It is worth noting here, the PDB2PQR step is crucial for facilitating the setup and execution of continuum electrostatics calculations from the PDB data.” 请求各位，不知道你们是怎么模拟Gmx的不同pH条件的。 |
回复此楼» 猜你喜欢
浙大物院表面物理课题组长期招收普博及直博学生
已经有259人回复
-
【征稿】Springer Nature热电专题 Discover Materials / Discover Chemistry
已经有47人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有123人回复
-
25届硕士申请，材料计算方向
已经有2人回复
-
课题组招1-2名硕士
已经有2人回复
-
机时越来越贵之后，我把一部分 DFT 流程搬到了 AI 计算平台上
已经有0人回复
-
斯坦福大学与Elsevier世界前2%学者新排名查询
已经有1人回复
-
27申博推荐：南京航空航天大学国际前沿院光学方向招收博士生！
已经有19人回复
-
华南师范大学+双一流学科物理学+广东省杰青团队2027年博士招生+机器学习驱动材料设计
已经有1人回复
-
apl投稿状态
已经有2人回复
-
华南师范大学+双一流学科物理学+广东省杰青团队2027年博士招生+机器学习驱动材料设计
已经有1人回复
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2021-07-13 16:21:01