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半寸日光

新虫 (小有名气)

[求助] 求助:根据文献参数写适合lammps中tersoff势的Albe格式问题 已有1人参与

求助:请问有人根据文献里面的参数写过适合lammps中的tersoff势?可以帮忙看下我根据文献参数所写关于三种元素的tersoff中Albe格式正确吗?(参考lammps自带的SiC的Albe),文献里面的参数,自己所仿照写的W-C-Co体系的势函数如下,感谢!

求助:根据文献参数写适合lammps中tersoff势的Albe格式问题


求助:根据文献参数写适合lammps中tersoff势的Albe格式问题-1


求助:根据文献参数写适合lammps中tersoff势的Albe格式问题-2


@smutao @oxox6085 发自小木虫Android客户端
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

我把这个W-C二元的势文件根据这篇文献整理了的。见https://github.com/houzf/ABOP_lammps

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2楼2021-06-09 23:35:23
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

三元的比较复杂。还没有摸清楚转换关系。

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3楼2021-06-09 23:39:33
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

你参考的这篇文献对某个参数的写错了,与原始文献有出了。

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4楼2021-06-09 23:42:38
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
5楼: Originally posted by 半寸日光 at 2021-06-10 02:01:10
我之前在你的主页上参考了这个,照着你的和lammps里面的SiC的Albe一起参考,W-C这个除了某些n,我给了0,没给你写的1,其他基本一样,这个n的0和1对最后的结果有什么影响吗?除了W-C,文献里面给的Co-C,W-Co,Co- ...

我现在对lammps里的这个Albes势格式不确定的地方就是这个n的值。从Albe势的公式里,看不出这个n对应的是哪个物理量。lammps程序里附带的GaN的Albe势里,n的值都是设置1的。我测试过,将n=0与n=1,其他的都不变的话,两个势给的结果基本一样。这个我在我的github做过注释。
从GaN势的出处文献来看,找不到n在公式里对应的变量。 从10.1103/PhysRevB.86.115410文献里(针对的BNC体系的Albes或Tersoff势)的公式来看,n是一个指数因子,并也出现在一个倒数的分母里,所以n=0似乎是不合理的。这也是让我困惑的地方。
你参考一下BNC体系的Tersoff势:
https://www.ctcms.nist.gov/poten ... B-N-C/1/BNC.tersoff
这个势文件里,n并不等于0或1.
从这些文献和相应的势文件来看,这个n的取值应根据文献里所给的公式,看它们是怎么定的b_{ij}或B_{ij}的表达式(也就是repulsive potential前面的一个系数)。
原本的Tersoff势表达式中b_{ij}表达式比较复杂的。而Albe势对这个b_{ij}简化了,简化为(1+\chi_{ij})^{-1/2},这样n就取为1了。

你可以参考B-N-C体系的Tersoff势文件(我提到的那篇PRB文献)来试试写W-C-Co三元体系的Albe势文件。 与三体相关的项只是b_ij、\chi_{ij}、g(\theta_{ijk})、cos(theta_{ijk})的项。那篇W-C-Co的势参考文件中势参数列表中h对应的就是cos(\theta_{ijk})的值。2\mu对应着lammps的Tersoff势参数格式中的\lambda_{3}。
8楼2021-06-10 07:01:24
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
8楼: Originally posted by valenhou001 at 2021-06-10 08:01:24
我现在对lammps里的这个Albes势格式不确定的地方就是这个n的值。从Albe势的公式里,看不出这个n对应的是哪个物理量。lammps程序里附带的GaN的Albe势里,n的值都是设置1的。我测试过,将n=0与n=1,其他的都不变的话 ...

补充h对应的是cos(\theta_0),还需要注意h的正负号。Albe势,在很多文献里写的是[h+cos(\theta_{ijk})]^2。Tersoff势在很文献里写成的是[cos(\theta_{ijk}-h]^2或[h-cos(\theta_{ijk}]^2。 lammps主页上对Tersoff势表达式写的是[cos(\theta_{ijk}-h]^2,这里h=cos(\theta_0)。
9楼2021-06-10 07:12:40
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
10楼: Originally posted by 半寸日光 at 2021-06-10 09:49:28
感谢!
...

再补充一下:写Albe势的格式或Tersoff1势格式时:
以X, Y,  Z三个不同的元素为例,当然了,也可以类推到它们俩俩为为相同的元素。

X  Y  Z 的其中所有与二体势相关的参数(n, beta, lambda2, B, labmda1, A)都与X-Y对的列表值一样。而与三体势相关的参数(m, gamma, lambda3,c, d, costheta0, R, D)的值需要要考虑到与元素C相关的设置,或者说这些三体势相关的参数的值是与X-Z对的参数列表值给出的,而二体势相关的参数有X-Y对的参数列表值给出。
A,B, labmda1, lambda2的值是基于参数r0, D0, S, beta的值按公式计算出来的:
lambda1=beta*sqrt(2.0*S)
lambda2=beta*sqrt(2.0/S)
A= D0/(S-1.0) * exp(lambda1*r0)
B= S*D0/(S-1.0)*exp(lambda2*r0)
11楼2021-06-10 08:55:25
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
11楼: Originally posted by valenhou001 at 2021-06-10 09:55:25
再补充一下:写Albe势的格式或Tersoff1势格式时:
以X, Y,  Z三个不同的元素为例,当然了,也可以类推到它们俩俩为为相同的元素。

X  Y  Z 的其中所有与二体势相关的参数(n, beta, lambda2, B, labmda1, A)都 ...

我是按这个方式来写的X-Y两种不同元素的Albe势的文件的。按公式应该是可以类推到X-Y-Z三种不同元素的。主要原因是,很多文献上,包括Albe势函数的文章中,有的将将three-body项相关的参数中的索引(ik}简写为了{i}。
12楼2021-06-10 09:01:16
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