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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 求助：根据文献参数写适合lammps中tersoff势的Albe格式问题
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半寸日光

新虫 (小有名气)

[求助] 求助：根据文献参数写适合lammps中tersoff势的Albe格式问题 已有1人参与

求助：请问有人根据文献里面的参数写过适合lammps中的tersoff势？可以帮忙看下我根据文献参数所写关于三种元素的tersoff中Albe格式正确吗？(参考lammps自带的SiC的Albe)，文献里面的参数，自己所仿照写的W-C-Co体系的势函数如下，感谢!

求助：根据文献参数写适合lammps中tersoff势的Albe格式问题


求助：根据文献参数写适合lammps中tersoff势的Albe格式问题-1


求助：根据文献参数写适合lammps中tersoff势的Albe格式问题-2


@smutao @oxox6085 发自小木虫Android客户端
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1楼 2021-06-09 19:50:20
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
5楼: Originally posted by 半寸日光 at 2021-06-10 02:01:10
我之前在你的主页上参考了这个，照着你的和lammps里面的SiC的Albe一起参考，W-C这个除了某些n，我给了0，没给你写的1，其他基本一样，这个n的0和1对最后的结果有什么影响吗？除了W-C，文献里面给的Co-C，W-Co，Co- ...

我现在对lammps里的这个Albes势格式不确定的地方就是这个n的值。从Albe势的公式里，看不出这个n对应的是哪个物理量。lammps程序里附带的GaN的Albe势里，n的值都是设置1的。我测试过，将n=0与n=1，其他的都不变的话，两个势给的结果基本一样。这个我在我的github做过注释。
从GaN势的出处文献来看，找不到n在公式里对应的变量。 从10.1103/PhysRevB.86.115410文献里（针对的BNC体系的Albes或Tersoff势）的公式来看，n是一个指数因子，并也出现在一个倒数的分母里，所以n=0似乎是不合理的。这也是让我困惑的地方。
你参考一下BNC体系的Tersoff势：
https://www.ctcms.nist.gov/poten ... B-N-C/1/BNC.tersoff
这个势文件里，n并不等于0或1.
从这些文献和相应的势文件来看，这个n的取值应根据文献里所给的公式，看它们是怎么定的b_{ij}或B_{ij}的表达式（也就是repulsive potential前面的一个系数）。
原本的Tersoff势表达式中b_{ij}表达式比较复杂的。而Albe势对这个b_{ij}简化了，简化为(1+\chi_{ij})^{-1/2}，这样n就取为1了。

你可以参考B-N-C体系的Tersoff势文件（我提到的那篇PRB文献）来试试写W-C-Co三元体系的Albe势文件。 与三体相关的项只是b_ij、\chi_{ij}、g(\theta_{ijk})、cos(theta_{ijk})的项。那篇W-C-Co的势参考文件中势参数列表中h对应的就是cos(\theta_{ijk})的值。2\mu对应着lammps的Tersoff势参数格式中的\lambda_{3}。
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8楼2021-06-10 07:01:24
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
我把这个W-C二元的势文件根据这篇文献整理了的。见https://github.com/houzf/ABOP_lammps

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2楼2021-06-09 23:35:23
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
三元的比较复杂。还没有摸清楚转换关系。

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3楼2021-06-09 23:39:33
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
你参考的这篇文献对某个参数的写错了，与原始文献有出了。

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4楼2021-06-09 23:42:38
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半寸日光

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by valenhou001 at 2021-06-09 23:35:23
我把这个W-C二元的势文件根据这篇文献整理了的。见https://github.com/houzf/ABOP_lammps

我之前在你的主页上参考了这个，照着你的和lammps里面的SiC的Albe一起参考，W-C这个除了某些n，我给了0，没给你写的1，其他基本一样，这个n的0和1对最后的结果有什么影响吗？除了W-C，文献里面给的Co-C，W-Co，Co-Co，整个W-C-Co三个元素体系，我也是按照W-C这只包含两种元素思考方式来的，比如WCCo，我就根据WCC这样的考虑，仅仅当做Co替换了C，把它当成类似二种元素来思考，这样思考可以吗？

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5楼2021-06-10 01:01:10
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半寸日光

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by valenhou001 at 2021-06-09 23:42:38
你参考的这篇文献对某个参数的写错了，与原始文献有出了。

谢谢，我找到原始的改了，打了马赛克截屏放上去的。

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6楼2021-06-10 01:02:14
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半寸日光

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by valenhou001 at 2021-06-09 23:39:33
三元的比较复杂。还没有摸清楚转换关系。

这个我对比了一下和tersoff的Albe格式所用的公式，两个一样，我看了lammps手册不是很清楚三元素那种简化过的Albe格式可以和二元素那种一样考虑吗？比如WCCo，我可以看成WCC中C仅是被Co替换了吗？其他思考方式还是按照二元素一样来看吗？比如说里面仅涉及W-C两种元素的单独拿出来放到一个文本里面就和体系只有两元素W-C的tersoff一样。

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7楼2021-06-10 01:12:03
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by valenhou001 at 2021-06-10 08:01:24
我现在对lammps里的这个Albes势格式不确定的地方就是这个n的值。从Albe势的公式里，看不出这个n对应的是哪个物理量。lammps程序里附带的GaN的Albe势里，n的值都是设置1的。我测试过，将n=0与n=1，其他的都不变的话 ...

补充h对应的是cos(\theta_0)，还需要注意h的正负号。Albe势，在很多文献里写的是[h+cos(\theta_{ijk})]^2。Tersoff势在很文献里写成的是[cos(\theta_{ijk}-h]^2或[h-cos(\theta_{ijk}]^2。 lammps主页上对Tersoff势表达式写的是[cos(\theta_{ijk}-h]^2，这里h=cos(\theta_0)。
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9楼2021-06-10 07:12:40
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半寸日光

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by valenhou001 at 2021-06-10 07:12:40
补充h对应的是cos(\theta_0)，还需要注意h的正负号。Albe势，在很多文献里写的是^2。Tersoff势在很文献里写成的是^2或^2。 lammps主页上对Tersoff势表达式写的是^2，这里h=cos(\theta_0)。...

感谢！

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10楼2021-06-10 08:49:28
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