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robertpeter2005

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】为什么并行后计算时间反而比单机长了很多阿?

为什么多机并行后计算的时候,每个核负载只有百分之六十几?达不到百分之百阿,而且明显速度不如单机并行阿,不知道是什么原因,一台服务器戴尔T410,主频2.66,双处理器,8核,然后四台处理器为Q8200,主频为2.33的四核机并行集群,集群一共16核,还有一台单机处理器为Q9550,主频为2.83的四核,同样的一道题,在集群上计算时时间都比在戴尔服务器上计算时间长很多,比单机2.83计算时间也长很多,这个现象是不是不正常啊,还是这几个不能这样比阿?那是什么原因呢?16核的计算时间反而不如单机?
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tjyl

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
很多人用NFS,只是因为设置比较简单。
其他的,NFSv3无论是性能还是可靠性都是很不适合HPC的。
http://linux.chinaitlab.com/administer/770617.html
PS:目前大家说的NFS都是v3的,用v4的人不多。
其他的有什么 Lustre(曙光5000A用的是) ,GFS之类的。
这有个NFS和Lustre的简单评测(其实不能简单这样比较的)
http://133402.blog.51cto.com/123402/172628 随便搜到的。
要是用Centos 之类的可以考虑试试GFS吧,好搞一点。

不过,我也觉得LZ的问题出在通信开销太大吧。
建议使用intel的编译器自己编译MPI
引用回帖:
Originally posted by 123qweasd7962 at 2009-8-20 10:48:
gromacs升级到最新版,扩展性非常好。
mpi库如果能换用openmpi
文件系统用nfs其实也可以,因为你现在的瓶颈应该在网络上,而不是磁盘io
如果要解决网络瓶颈就只有上Infiniband交换机了,NFS也走Infiniband网络。

9楼2009-08-21 00:01:33
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
mingdong(金币+2,VIP+0):感谢交流! 8-13 19:24
fegg7502(金币+3,VIP+0):thank you very much! 8-13 19:29
robertpeter2005(金币+1,VIP+0):谢谢,请问? 8-13 19:37
Dell 服务器上的时间比单机时间如何?

你的计算中是否有大量的数据需要在不同的节点之间传输?如果是,网络传输速率是影响计算效率的最重要因素。
2楼2009-08-13 13:52:13
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robertpeter2005

木虫 (正式写手)

dell服务器是八核的肯定比单机四核的快,我们也试过了,也是这样的,用gromacs是有大量数据需要在不同节点传输,但是网卡和交换机,还有网线都是统一的千兆的,应该影响不大了,为什么还是多机比单机慢很多呢。
3楼2009-08-13 19:37:06
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luqing6879

木虫 (著名写手)


robertpeter2005(金币+1):谢谢参与
楼主用的什么软件算的呀?软件本身可能就布太支持并行。
cishan.goodweb.cn/慈善点击,点滴帮助。
4楼2009-08-13 19:38:53
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