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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】为什么并行后计算时间反而比单机长了很多阿？
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robertpeter2005

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】为什么并行后计算时间反而比单机长了很多阿？

为什么多机并行后计算的时候，每个核负载只有百分之六十几？达不到百分之百阿，而且明显速度不如单机并行阿，不知道是什么原因，一台服务器戴尔T410，主频2.66，双处理器，8核，然后四台处理器为Q8200，主频为2.33的四核机并行集群，集群一共16核，还有一台单机处理器为Q9550,主频为2.83的四核，同样的一道题，在集群上计算时时间都比在戴尔服务器上计算时间长很多，比单机2.83计算时间也长很多，这个现象是不是不正常啊，还是这几个不能这样比阿？那是什么原因呢？16核的计算时间反而不如单机？
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1楼 2009-08-13 10:07:52
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+2,VIP+0):感谢交流！ 8-13 19:24
fegg7502(金币+3,VIP+0):thank you very much! 8-13 19:29
robertpeter2005(金币+1,VIP+0):谢谢，请问？ 8-13 19:37
Dell 服务器上的时间比单机时间如何？

你的计算中是否有大量的数据需要在不同的节点之间传输？如果是，网络传输速率是影响计算效率的最重要因素。
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2楼2009-08-13 13:52:13
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robertpeter2005

木虫 (正式写手)
dell服务器是八核的肯定比单机四核的快，我们也试过了，也是这样的，用gromacs是有大量数据需要在不同节点传输，但是网卡和交换机，还有网线都是统一的千兆的，应该影响不大了，为什么还是多机比单机慢很多呢。
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3楼2009-08-13 19:37:06
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luqing6879

木虫 (著名写手)
★
robertpeter2005(金币+1):谢谢参与
楼主用的什么软件算的呀？软件本身可能就布太支持并行。
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cishan.goodweb.cn/慈善点击，点滴帮助。
4楼2009-08-13 19:38:53
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tjyl

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
robertpeter2005(金币+1):谢谢参与
mingdong(金币+2,VIP+0):感谢交流！ 8-14 13:48
千兆交换机有档次之分的。从几百到几W的都有。
你自己也知道有大量数据就控制并行量的，先试试2个机器并行。

还有就是不知道你是不是用的NFS？如果数据量大，NFSv3根本不适用,建议尝试其他性能好点的文件系统。
引用回帖:
Originally posted by robertpeter2005 at 2009-8-13 19:37:
dell服务器是八核的肯定比单机四核的快，我们也试过了，也是这样的，用gromacs是有大量数据需要在不同节点传输，但是网卡和交换机，还有网线都是统一的千兆的，应该影响不大了，为什么还是多机比单机慢很多呢。

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5楼2009-08-13 20:10:15
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+2,VIP+0):感谢交流！ 8-14 13:48
引用回帖:
Originally posted by robertpeter2005 at 2009-8-13 19:37:
dell服务器是八核的肯定比单机四核的快，我们也试过了，也是这样的，用gromacs是有大量数据需要在不同节点传输，但是网卡和交换机，还有网线都是统一的千兆的，应该影响不大了，为什么还是多机比单机慢很多呢。

我自己没有整过集群，但从以往我看到的各个讨论来看，不同机器间的通讯，网络传输等等是非常重要的影响因素，尤其是一些读写数据量较大的计算。
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6楼2009-08-13 21:14:05
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robertpeter2005

木虫 (正式写手)
用的软件是gromacs，并行软件是mpich2，gromacs本身是支持并行的，用的文件系统是NFS系统，是不是v3我不知道，请问楼上的说的其他文件系统还有什么系统阿？刚接触这个东西，自己实在不太懂，机群是化物所的人帮着装的，自己还真不会装。
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7楼2009-08-14 07:52:17
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123qweasd7962

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gromacs升级到最新版，扩展性非常好。
mpi库如果能换用openmpi
文件系统用nfs其实也可以，因为你现在的瓶颈应该在网络上，而不是磁盘io
如果要解决网络瓶颈就只有上Infiniband交换机了，NFS也走Infiniband网络。
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8楼2009-08-20 10:48:53
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tjyl

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
很多人用NFS，只是因为设置比较简单。
其他的，NFSv3无论是性能还是可靠性都是很不适合HPC的。
http://linux.chinaitlab.com/administer/770617.html
PS:目前大家说的NFS都是v3的，用v4的人不多。
其他的有什么 Lustre（曙光5000A用的是） ,GFS之类的。
这有个NFS和Lustre的简单评测（其实不能简单这样比较的）
http://133402.blog.51cto.com/123402/172628 随便搜到的。
要是用Centos 之类的可以考虑试试GFS吧，好搞一点。

不过，我也觉得LZ的问题出在通信开销太大吧。
建议使用intel的编译器自己编译MPI
引用回帖:
Originally posted by 123qweasd7962 at 2009-8-20 10:48:
gromacs升级到最新版，扩展性非常好。
mpi库如果能换用openmpi
文件系统用nfs其实也可以，因为你现在的瓶颈应该在网络上，而不是磁盘io
如果要解决网络瓶颈就只有上Infiniband交换机了，NFS也走Infiniband网络。

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9楼2009-08-21 00:01:33
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tjyl

金虫 (正式写手)
你就单机并行吧。将就用着。
引用回帖:
Originally posted by robertpeter2005 at 2009-8-14 07:52:
用的软件是gromacs，并行软件是mpich2，gromacs本身是支持并行的，用的文件系统是NFS系统，是不是v3我不知道，请问楼上的说的其他文件系统还有什么系统阿？刚接触这个东西，自己实在不太懂，机群是化物所的人帮着 ...

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10楼2009-08-21 00:02:16
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