应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】表面建模问题
111/2返回列表12下一页
查看: 846  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

hczheng899

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】表面建模问题

在 一个 金属表面吸附NH3 ,我想 固定最下面两层金属（用 MS固定了），但是 我 用 gv 把cif 文件打开的时候，却 看到 到 固定的原子 坐标，不 知道 ，哪些原子 是 我 要 固定的了 ，


还有 我 在MS中用 C取代最下面两层的原子时，倒出来的坐标 顺序 错乱，

Ir                 0.00000000    0.00000000    3.83893901
Ir                 0.00000000    0.00000000    7.67787803
Ir                 1.35725000    1.35725000    5.75829263
Ir                 2.71450000    0.00000000    3.83893901
Ir                 2.71450000    0.00000000    7.67787803
Ir                 4.07175000    1.35725000    5.75829263
Ir                 0.00000000    2.71450000    3.83893901
Ir                 0.00000000    2.71450000    7.67787803
Ir                 1.35725000    4.07175000    5.75829263
Ir                 2.71450000    2.71450000    3.83893901
Ir                 2.71450000    2.71450000    7.67787803
Ir                 4.07175000    4.07175000    5.75829263
N                  2.63594237    2.77237314    9.26022643
H                  3.07156533    1.81963793    9.62713101
H                  2.95538473    3.60436739    9.92195262
H                  1.52837208    2.69929880    9.26625266
Ir                 4.07175000    1.35725000    1.91935362
Ir                 4.07175000    4.07175000    1.91935362
Ir                 1.35725000    4.07175000    1.91935362
Ir                 1.35725000    1.35725000    1.91935362
Ir                 2.71450000    0.00000000    0.00000000
Ir                 2.71450000    2.71450000    0.00000000

这样的错误 ，我该怎么解决呢
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-08-13 07:59:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlqaicry

金虫 (正式写手)

无锡兰友电子
不太懂，能不能做个标记
赞一下 回复此楼
2楼2009-08-13 08:56:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hczheng899

木虫 (正式写手)
什么 意思 ？怎么 标记 ？
赞一下 回复此楼
3楼2009-08-13 09:03:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whzhang81

铜虫 (初入文坛)
★ ★
hczheng899(金币+1,VIP+0): 8-13 10:23
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流 8-13 23:40
输出坐标里边基本上是看不到固定不固定原子的，这个体现在你的计算控制文件里边。
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-08-13 10:20:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuzhaonan

铁杆木虫 (著名写手)

第一性原理计算大师
★
wuli8(金币+1,VIP+0):3ks。(*^__^*) …… 8-13 12:46
输出坐标里边是看不到,有些软件能看到
赞一下(20人) 回复此楼
玩第一性原理就如看大片
5楼2009-08-13 12:32:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chensxxy

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢回帖交流 8-13 23:40
你用什么软件 建模？
我用的MS。
你可以在模型里，先把坐标找出来啊！
赞一下(10人) 回复此楼
尊崇自然，敬畏生命！
6楼2009-08-13 13:23:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whzhang81

铜虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★
hczheng899(金币+3,VIP+0): 8-13 15:34
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢回帖交流 8-13 23:40
你固定的估计是最后边的z坐标是0.0和1.919的8个原子，你固定最下层的，肯定z坐标是最小的。。。。估计是你替换之后，这些原子作为新的一类原子，跑到输出文件的最后边了。 不要过分依赖软件，要自己明白自己想要做什么。

[ Last edited by whzhang81 on 2009-8-13 at 13:37 ]
赞一下(11人) 回复此楼
7楼2009-08-13 13:35:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuzhaonan

铁杆木虫 (著名写手)

第一性原理计算大师
★
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流 8-13 23:40
可以尝试xcrysden，不过需要修改下格式
赞一下(10人) 回复此楼
玩第一性原理就如看大片
8楼2009-08-13 17:17:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
yjr(金币+2,VIP+0):谢谢！！ 8-14 09:50
在ms的界面下,点击你要固定的原子,记录下它的坐标,这样心中有数以后,再export,再打开export出来的文件,就知道是哪几个了.

其实很简单的事情.

或者,干脆在ms里面将你需要固定的原子全部用另外的元素取代,比如用F原子,然后打开export的文件,就可以看出来了.
赞一下(6人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
9楼2009-08-14 04:53:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hczheng899

木虫 (正式写手)
关于楼上的 回答 ，非常感谢 ，

我 还 有 一点 疑问就是 我 在 表面上 吸附气体 的 话 ，还有 我 在MS中用 C取代最下面两层的原子时，倒出来的坐标 顺序 错乱，

在写potcar 文件的 时候，怎么办啊 ，
这个问题没人帮我 解决 啊
赞一下 回复此楼
10楼2009-08-14 07:37:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hczheng899 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +9 小聂爱学习 2026-04-16 11/550 2026-04-17 22:34 by chixmc
[考研] 320求调剂 +4 深郊akm 2026-04-17 4/200 2026-04-17 17:32 by 一切OK
[考研] 335求调剂 +20 想上岸呀！！ 2026-04-12 23/1150 2026-04-17 10:50 by cuisz
[考研] 297，工科调剂? +4 河南农业大学-能 2026-04-14 4/200 2026-04-16 22:52 by wulijun2012
[考研] 一志愿沪9，生物学326求调剂 +9 刘墨墨 2026-04-15 9/450 2026-04-16 17:14 by 崔崔崔cccc
[考博] 申博自荐 +3 Linxia林夏 2026-04-13 3/150 2026-04-16 12:55 by 墨荷之露
[考研] 327求调剂 +26 Xxjc1107. 2026-04-13 29/1450 2026-04-16 10:52 by Espannnnnol
[考研] 求调剂 +11 小聂爱学习 2026-04-11 15/750 2026-04-15 21:57 by noqvsozv
[考研] 生物学调剂 +9 纸扇zhishan 2026-04-13 9/450 2026-04-15 18:28 by AN流800
[考研] 材料工程281还有调剂机会吗 +43 xaw. 2026-04-11 44/2200 2026-04-15 12:46 by 西北望—风沙
[考研] 211本科材料化工求调剂 +19 YHLAH 2026-04-11 23/1150 2026-04-14 22:25 by fenglj492
[考研] 各位老师好，求调剂，本科211，一志愿天津大学生物与医药学硕，差两名录取。 +11 路六六jjj 2026-04-13 11/550 2026-04-14 16:01 by zs92450
[考研] 食品与营养（0955）271求调剂 +15 升格阿达 2026-04-12 16/800 2026-04-14 13:18 by 浮若_安生
[考研] 085408光电信息工程专硕355一志愿长春光机所调剂 +6 王ymaa 2026-04-13 13/650 2026-04-14 11:33 by 王ymaa
[考研] 290求调剂 +18 柯淮然 2026-04-12 20/1000 2026-04-13 12:56 by cyh—315
[考研] 0831一轮调剂失败求助 +10 小熊睿睿_s 2026-04-11 10/500 2026-04-12 22:43 by 长弓傲
[考研] 一志愿浙大生物325分求调剂 +9 zysheng 2026-04-12 9/450 2026-04-12 22:31 by yuyin1233
[考研] 调剂结束 +6 floriea 2026-04-12 8/400 2026-04-12 18:13 by zhouxiaoyu
[考研] 求调剂，一志愿材料科学与工程985，365分， +8 材化李可 2026-04-11 10/500 2026-04-12 08:42 by 852137818
[考研] 270求调剂 +14 杨乐369 2026-04-11 14/700 2026-04-11 20:16 by 蓝云思雨
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭