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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】表面建模问题
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hczheng899

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】表面建模问题

在 一个 金属表面吸附NH3 ,我想 固定最下面两层金属（用 MS固定了），但是 我 用 gv 把cif 文件打开的时候，却 看到 到 固定的原子 坐标，不 知道 ，哪些原子 是 我 要 固定的了 ，


还有 我 在MS中用 C取代最下面两层的原子时，倒出来的坐标 顺序 错乱，

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Ir                 0.00000000    0.00000000    7.67787803
Ir                 1.35725000    1.35725000    5.75829263
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Ir                 2.71450000    0.00000000    7.67787803
Ir                 4.07175000    1.35725000    5.75829263
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N                  2.63594237    2.77237314    9.26022643
H                  3.07156533    1.81963793    9.62713101
H                  2.95538473    3.60436739    9.92195262
H                  1.52837208    2.69929880    9.26625266
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这样的错误 ，我该怎么解决呢
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1楼 2009-08-13 07:59:18
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zlqaicry

金虫 (正式写手)

无锡兰友电子
不太懂，能不能做个标记
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2楼2009-08-13 08:56:06
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hczheng899

木虫 (正式写手)
什么 意思 ？怎么 标记 ？
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3楼2009-08-13 09:03:13
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whzhang81

铜虫 (初入文坛)
★ ★
hczheng899(金币+1,VIP+0): 8-13 10:23
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流 8-13 23:40
输出坐标里边基本上是看不到固定不固定原子的，这个体现在你的计算控制文件里边。
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-08-13 10:20:20
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chuzhaonan

铁杆木虫 (著名写手)

第一性原理计算大师
★
wuli8(金币+1,VIP+0):3ks。(*^__^*) …… 8-13 12:46
输出坐标里边是看不到,有些软件能看到
赞一下(20人) 回复此楼
玩第一性原理就如看大片
5楼2009-08-13 12:32:35
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chensxxy

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢回帖交流 8-13 23:40
你用什么软件 建模？
我用的MS。
你可以在模型里，先把坐标找出来啊！
赞一下(10人) 回复此楼
尊崇自然，敬畏生命！
6楼2009-08-13 13:23:09
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whzhang81

铜虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★
hczheng899(金币+3,VIP+0): 8-13 15:34
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢回帖交流 8-13 23:40
你固定的估计是最后边的z坐标是0.0和1.919的8个原子，你固定最下层的，肯定z坐标是最小的。。。。估计是你替换之后，这些原子作为新的一类原子，跑到输出文件的最后边了。 不要过分依赖软件，要自己明白自己想要做什么。

[ Last edited by whzhang81 on 2009-8-13 at 13:37 ]
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7楼2009-08-13 13:35:58
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chuzhaonan

铁杆木虫 (著名写手)

第一性原理计算大师
★
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流 8-13 23:40
可以尝试xcrysden，不过需要修改下格式
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玩第一性原理就如看大片
8楼2009-08-13 17:17:53
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
yjr(金币+2,VIP+0):谢谢！！ 8-14 09:50
在ms的界面下,点击你要固定的原子,记录下它的坐标,这样心中有数以后,再export,再打开export出来的文件,就知道是哪几个了.

其实很简单的事情.

或者,干脆在ms里面将你需要固定的原子全部用另外的元素取代,比如用F原子,然后打开export的文件,就可以看出来了.
赞一下(6人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
9楼2009-08-14 04:53:20
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hczheng899

木虫 (正式写手)
关于楼上的 回答 ，非常感谢 ，

我 还 有 一点 疑问就是 我 在 表面上 吸附气体 的 话 ，还有 我 在MS中用 C取代最下面两层的原子时，倒出来的坐标 顺序 错乱，

在写potcar 文件的 时候，怎么办啊 ，
这个问题没人帮我 解决 啊
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10楼2009-08-14 07:37:45
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