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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

[交流] 第一性原理程序使用频度统计(2021)

论坛内上一次统计这个问题可能是在2014年,时隔多年,有更多的程序可以被用于模拟研究供大家选择。本次统计原则上只包含Kohn-Sham框架下的求解引擎,半经验方法和激发态处理如DFTB和BGW等暂时不计入其中,其他的前后处理接口程序和图形显示程序如ASE和XCrysDen也不包含,更多没有被包含的程序大家也可以补充在帖子中。本次统计的目的是为了能够让大家更方便交流以及认识不同程序擅长解决的问题、算法上的优势,也欢迎跟帖交流讨论。
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
18楼: Originally posted by wangyikeco at 2023-12-01 01:49:02
KKR矩阵元是对角线上稀疏矩阵元,可以分割成很多小矩阵元,能在GPU里轻松处理上10万个原子的体系
,矩阵元的处理已经不复杂了。
recommend you the following article:
GPU acceleration of the Locally Self-c ...

其他贴给过您答复,这里只是再拿出来说一遍,例如做杂化泛函、post-hf等,其中四中心积分还是非常复杂的,局域基组如果没有巧妙的办法处理这种积分效率将会比较低下,对KKR或者LMTO通常是要在ASA下面完成的。

这里文章我细看了一下其实还是在MTA上的,当然对线性标度方法确实不能要求太多。如果单从作为一个模拟软件来说,结构优化(也就是获得对核坐标梯度,应变梯度)是否能够进行等等一系列问题也都很重要。

有关于其他高(基组)精度的大规模方法你有兴趣可以参考这个https://dl.acm.org/doi/pdf/10.1145/3581784.3627037。当然,Gordon-Bell prize里面线性标度程序也有专门测试,这里不过多详述。
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19楼2023-12-01 21:59:19
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

迄今,我个人最常使用的主要还是Quantum Espresso(QE)、DMol3。

QE的主要模块pw.x是基于赝势平面波框架的程序,赝势支持PSLib的超软赝势和PAW、GBRV超软赝势、ONCV框架的SG15和Dojo模守恒赝势,这些赝势的精度相对而言都比较高,QE允许这些赝势/PAW混合使用。QE处理二维体系比较友好,对于边界处理,外加电荷或者表面存在偶极矩的情况有专门的修正方法,也支持恒Fermi能级的计算。Hubbard模型支持各向同性的DFT+Ueff以及非各项同性的DFT+U+J以及考虑位点间排斥的DFT+U+V模型。后处理分析中支持RDG和ELF等(6.7之前的某些版本可能有bug,我和朋友已经向官方提交了修正版本),还有DFPT支持多q点计算声子谱。缺点当然也有,比如算法比较单一,迭代算法中可调的参数比较少,部分功能可能只支持模守恒赝势(如MetaGGA),溶剂化插件Environ相对来说也不那么好用,经常跟不上版本。

平面波基组尺寸要比原子轨道基组大很多,稍大一些尺寸的体系还是LCAO更快。不管原子相同不相同,或者这个位置有没有原子,平面波方法都一视同仁加上等间距的积分网格,比如表面上吸附个长链的分子或者纳米线亦或是分子的积分平面波效率要低很多。
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2楼2021-05-01 08:39:06
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涪东耳

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
居然只有我一个用全势方法,难以置信。

发自小木虫Android客户端
3楼2021-05-24 03:08:20
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
3楼: Originally posted by 涪东耳 at 2021-05-24 03:08:20
居然只有我一个用全势方法,难以置信。

应该不会,ELK我也用过一段时间,不过现在折腾偏少。
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4楼2021-06-04 19:41:05
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