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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » OLEX2解析单晶丢失碳原子
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深度睡眠ya

新虫 (小有名气)

[求助] OLEX2解析单晶丢失碳原子 已有1人参与

在用OLEX2解析单晶时，五元环上的碳上丢失了一个甲基，通过growing能够得到完整晶体，解析出来也没有A、B类错误，但是解析出来的分子放到Mercury里面显示与N相连的甲基始终有6个H，怎么修改也无法去除掉，求助是growing的步骤出错了，还是有其他的解决办法。
来个高手帮下忙OLEX2解析单晶丢失碳原子
解析后的分子.png


OLEX2解析单晶丢失碳原子-1
无A、B类错误.png
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  • 附件 1 : exp_3015.cif
    • 2021-04-26 09:28:57, 443.63 K

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1楼 2021-04-26 09:36:26
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深度睡眠ya

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Tab呱呱 at 2021-04-26 09:44:05
检查碳原子的占有率，应当是分子处于对称面上，这很正常，六个氢的碳应当占有率0.5

在growing后得到的C原子和相邻C编号相同，且打开后还是显示不出来，但是结构式又是对的，我把文件加上了，帮我看看吧
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    • 2021-04-27 10:31:55, 361 bytes
  • 附件 2 : CN.cdx
    • 2021-04-27 10:32:06, 2.75 K
4楼2021-04-27 10:33:39
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Tab呱呱

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
深度睡眠ya: 金币+5, ★有帮助 2021-04-29 08:35:29
检查碳原子的占有率，应当是分子处于对称面上，这很正常，六个氢的碳应当占有率0.5
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2楼2021-04-26 09:44:05
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SAFEEEE

木虫 (正式写手)
不用管，画图的时候删掉一半H就行，或者在OLEX2慢慢旋转H的位置，使之不对称。
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3楼2021-04-26 20:25:40
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