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深度睡眠ya

新虫 (小有名气)

[求助] OLEX2解析单晶丢失碳原子 已有1人参与

在用OLEX2解析单晶时,五元环上的碳上丢失了一个甲基,通过growing能够得到完整晶体,解析出来也没有A、B类错误,但是解析出来的分子放到Mercury里面显示与N相连的甲基始终有6个H,怎么修改也无法去除掉,求助是growing的步骤出错了,还是有其他的解决办法。
来个高手帮下忙OLEX2解析单晶丢失碳原子
解析后的分子.png


OLEX2解析单晶丢失碳原子-1
无A、B类错误.png
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  • 2021-04-26 09:28:57, 443.63 K

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深度睡眠ya

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Tab呱呱 at 2021-04-26 09:44:05
检查碳原子的占有率,应当是分子处于对称面上,这很正常,六个氢的碳应当占有率0.5

在growing后得到的C原子和相邻C编号相同,且打开后还是显示不出来,但是结构式又是对的,我把文件加上了,帮我看看吧

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4楼2021-04-27 10:33:39
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Tab呱呱

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
深度睡眠ya: 金币+5, 有帮助 2021-04-29 08:35:29
检查碳原子的占有率,应当是分子处于对称面上,这很正常,六个氢的碳应当占有率0.5
2楼2021-04-26 09:44:05
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SAFEEEE

木虫 (正式写手)

不用管,画图的时候删掉一半H就行,或者在OLEX2慢慢旋转H的位置,使之不对称。
3楼2021-04-26 20:25:40
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