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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【转帖】关于从vasp4.5、4.6计算光学性质（组合帖）
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顺水

金虫 (小有名气)

[资源] 【转帖】关于从vasp4.5、4.6计算光学性质（组合帖）

一、关于VASP中光学optics.F程序的编译(ifort+mkl)

原帖地址http://new.quantumchemistry.net/ ... ion/200512/187.html

从VASP 4.4.4和VASP.4.4.5开始，VASP支持简单的光学性质的计算。其具体实现程序是optics.F。其中一些必需的后处理程序，可以向Jürgen Furthmüller发信要。

   此程序可以使用ifort和mkl编译出来，用pgi编译它说optics.f语法错，不知道为什么。然后用编译成功的程序处理已经得出OPTIC文件的一个目录，满心欢喜，结果给我了这些东西：
   scanning POSCAR, KPOINTS and OPTIC
   reading KPOINTS and OPTIC
   set up transition energies and amplitudes
   DOS and joint DOS
   forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
   Image PC Routine Line Source
   optics 0804A8DE Unknown Unknown Unknown
   optics 080502A7 Unknown Unknown Unknown
   optics 0804A594 Unknown Unknown Unknown
   libc.so.6 00314E33 Unknown Unknown Unknown
   optics 0804A4A1 Unknown Unknown Unknown
   forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
   Image PC Routine Line Source
   libc.so.6 00360ECE Unknown Unknown Unknown
   libc.so.6 003614BA Unknown Unknown Unknown
   optics 08086FFD Unknown Unknown Unknown
   optics 0806A899 Unknown Unknown Unknown
   optics 0806C183 Unknown Unknown Unknown
   optics 0806B296 Unknown Unknown Unknown
   optics 0806D634 Unknown Unknown Unknown
   libpthread.so.0 0054A8A0 Unknown Unknown Unknown
   optics 080502A7 Unknown Unknown Unknown
   optics 0804A594 Unknown Unknown Unknown
   libc.so.6 00314E33 Unknown Unknown Unknown
   optics 0804A4A1 Unknown Unknown Unknown
   貌似段错误。

   具体编译方法是先编译optics上一级目录中的文件，得到prec.o constant.o error.o tet.o
   ，并把它们拷贝到optics目录下。
   然后再到optics目录下编译optics
   其中makefile的头几行修改成如下：
   # THIS IS AN EXAMPLE FOR INTEL-LINUX PLATFORMS RUNNING PGF COMPILERS. CUSTOMIZE!
   
   .SUFFIXES: .inc .f .F
   
   MAKE = /usr/bin/make
   CPP_ = /usr/bin/cpp -P -C
   CPP = $(CPP_) \
   -Dkind8 -DNGXhalf -DCACHE_SIZE=1000 -DPGF90 -Davoidalloc <$*.F >$*.f
   FC = pgf90 -Mfree
   DEBUG = -g -O0
   OFLAG = -O2 -tp p6
   DOUBLE = -r8
   SINGLE =
   TIMING =
   #TIMING = -pg
   
   # binding
   BIND =
   LIB = -L../../vasp.4.lib -ldmy -L/usr/local/lib -llapack -lblas
   -----------------------------------------------------------------------
   optics.F与vasp的版本无关，我4.5.5到4.6.25都可以编译的过去。因为它link时，需要的
   只是vasp.4.lib中的文件，而vasp.4.lib中的文件基本是不升级或更新的。

[ Last edited by wuli8 on 2009-8-12 at 18:00 ]
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1楼2009-08-09 13:09:42
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顺水

金虫 (小有名气)
OPTIC 编译2

编译出了optics，问题已经不大了
首先到http://www.freeware.vasp.de/VASP/
去下载最新版的optics和其他的一些东西。注意，其中的一些F程序似乎有语法错误，起码在pgf90编译的情况下提示出错，它们是：
smear.F的第29行，SUBROUTINE中的S写到了第6列，同一行的换行符应该写在第30行第7列。
error.F的第8行还有下面一个类似的地方，&字符越界，应该换到下一行做换行符用。
symlib.F缺少了sym_prec模块，添加进去。
MODULE sym_prec
  USE prec
  REAL(q) :: TINY=1.E-5_q
END MODULE
然后我很顺利地用pgf90加上pgf90自己的blas和lapack编译出了vasp。然后手动编译error.F,prec.F,smear.F，就用pgf90 -c smear.F这样的格式即可，产生相应的.o文件。然后进入optics目录，make clean一下后，修改makefile，用和编译vasp一样的blas和lapack来编译optics，成功。但是此时的vasp.4.6目录下的 vasp是有问题的，执行起来没有任何输出，让我伤透了脑筋。用原先存着的ifort编译的vasp计算后得到的OPTIC二进制文件optics程序执行后介电函数实部很多nan。还是用以前pgf90编译的vasp运行，这才没有了问题。

optics程序需要用paw的势，可以用USPP计算其他的东西，当要计算光学性质的时候改用pgf90编译的vasp和paw势即可。

OPTIC计算出来后，一定要记得cp IBZKPT KPOINTS。

程序规定要将ISMEAR设为采用Tetrahedron k mesh。因此，k点数起码要超过4个。我计算Se supercell用的1*1*2就不行。真正要计算的时候要将K点取大。

目前来看得到的结果和CASTEP的结果类似。
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2楼2009-08-09 13:10:11
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顺水

金虫 (小有名气)
optics程序incompatible number of kpoints错误
转自：http://new.quantumchemistry.net/ ... .asp?ArticleID=1143




运行vasp的计算光学性质的程序optics的时候，虽然K点是用的ismear=4之后生成的IBZKPT里面的list,也生成了OPTIC文件。但是运行optics程序时有时候会出现以下的错误：incompatible number of kpoints in file KPOINTS and OPTIC。OPTCTR也有。

出现此错误的原因是vasp和optics程序的big-endian/little-endian模式不同。所谓的big/little endian是一种存储模式，代表高位字节存在高位地址或低位地址里面。在optics和 vasp的 makefile 里面都有这样的编译选项 -byteswapio。

所以解决方法就是只需在vasp和optics两个makefile里面指定相同的模式即可。具体方法为在optics的makefile里面加上或去掉 -byteswapio 选项。要么都有-byteswapio，要么都没有，总之要保持一致。

[ Last edited by 顺水 on 2009-8-9 at 13:15 ]
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3楼2009-08-09 13:10:52
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顺水

金虫 (小有名气)
VASP光学计算输入文件



先用ISMEAR=-4 or -5，INCAR里面设置LOPTICS=.TRUE.即可。注意要用paw的势才行。
然后cp IBZKPT KPOINTS，建立一个叫OPTCTR的文件，里面写一些控制参数，一个很简单的例子是：
OMMIN = 0
OMMAX = 20
NEDOS = 1000
ISYMM = 1
LJDOS = .TRUE.
LDOS  = .FALSE.
LKRAMERS = .TRUE.
GAMMA = 0.2
最后运行那个optics程序即可。
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4楼2009-08-09 13:11:16
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顺水

金虫 (小有名气)
欢迎有经验的各位继续讨论。谢谢！！！
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6楼2009-08-09 13:15:57
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顺水

金虫 (小有名气)
http://d.namipan.com/d/optic.rar ... d378e6d4aae3c2c0000
optic.f源文件
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7楼2009-08-09 13:21:30
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kissjoie

金虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

顶顶吧~~~~~~
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8楼2009-08-09 14:39:19
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gengbo198601

银虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

顶起
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9楼2009-08-09 17:14:56
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fegg7502

荣誉版主 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

优秀推荐
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10楼2009-08-10 02:15:10
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lueng622

铁杆木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好东西，顶
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14楼2009-08-10 20:48:43
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kissjoie

金虫 (著名写手)
优秀推荐~
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15楼2009-08-11 12:18:41
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bubbywawa

银虫 (小有名气)

★★★ 三星级,支持鼓励

现在VASP已推出正式发行的光学包，这个还可靠吗？
不过谢谢共享。
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18楼2009-08-17 18:21:32
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顺水

金虫 (小有名气)
谢谢大家
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20楼2009-09-04 20:00:00
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davidleeciac

至尊木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

先收藏一下，找机会学习下
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22楼2009-09-29 23:57:02
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minisun

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢过了！
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23楼2009-10-13 22:42:46
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wjhwoods

铜虫 (正式写手)
n, 学习学习了。
很好，谢谢，认真学习
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25楼2010-02-06 05:11:38
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ljx2006

木虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

开始做材料的光学性质计算了，感觉有点盲目，谢谢分享了。
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26楼2010-04-08 21:09:13
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zzzal

铜虫 (初入文坛)

非常感谢，谢谢分享。

虽然对光学计算一致半解，还是非常感谢你，向你学习，以后多讨论。
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27楼2010-06-29 09:17:32
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yygnkd

新虫 (初入文坛)

★★★ 三星级,支持鼓励

楼主有没有计算光学的步骤啊 包括计算文件 分享下啊 万分感谢 liliangfangllf@163.com
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28楼2011-05-03 10:09:53
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liliangfang

荣誉版主 (著名写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

引用回帖:
Originally posted by 顺水 at 2009-08-09 13:09:42:
一、关于VASP中光学optics.F程序的编译(ifort+mkl)

原帖地址http://new.quantumchemistry.net/ ... ion/200512/187.html

从VASP 4.4.4和VASP.4. ...

请问如何编译出optics呀
我在http://www.freeware.vasp.de/VASP/
下载。F的程序，先make一下 出了许多.o文件 ，考到optics的文件夹下 make clean一下 然后make
出现(cd .. ; /usr/bin/make ; cd optics)
make[1]: 进入目录“/root/VASP计算/vasp”
make[1]: *** 没有指明目标并且找不到 makefile。 停止。
make[1]: 离开目录“/root/VASP计算/vasp”
/usr/bin/make optics
make[1]: 进入目录“/root/VASP计算/vasp/optics”
/usr/bin/cpp -P -C  -Dkind8 -DNGXhalf -DCACHE_SIZE=1000 -DPGF90 -Davoidalloc optics.f
/opt/pgi/linux86/11.5/bin/pgf90 -Mfree  -O2 -tp p6  -Minline=name:KRAMERS -c optics.f
NOTE: your trial license will expire in 9 days, 4.44 hours.
PGF90-F-0004-Unable to open MODULE file prec.mod (optics.f: 10)
PGF90/x86 Linux 11.5-0: compilation aborted
make[1]: ***


请问我改怎么办
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29楼2011-05-17 19:42:08
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aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《第一性原理计算资源总汇》
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30楼2011-08-31 16:09:00
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zuocuiping

木虫 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 顺水 at 2009-08-09 13:10:11
OPTIC 编译2

编译出了optics，问题已经不大了
首先到http://www.freeware.vasp.de/VASP/
去下载最新版的optics和其他的一些东西。注意，其中的一些F程序似乎有语法错误，起码在pgf90编译的情况下提示出错，它 ...

MODULE sym_prec
  USE prec
  REAL(q) :: TINY=1.E-5_q
END MODULE

请问楼主
这个加在那个文件哪一行呢？
谢谢
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31楼2013-11-22 17:30:46
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zuocuiping

木虫 (职业作家)
引用回帖:
31楼: Originally posted by zuocuiping at 2013-11-22 17:30:46
MODULE sym_prec
  USE prec
  REAL(q) :: TINY=1.E-5_q
END MODULE

请问楼主
这个加在那个文件哪一行呢？
谢谢...

还有为何我make编译的时候
总是出现错误的
谢谢
错误提示make
/usr/local/pgi/linux86/bin/pgf90 -Mfree  -tp p6 -O2 -Munroll -Mnoframe -byteswapio -Mi4 -Mcache_align -Mdalign -pc 64 -c prec.f
make: /usr/local/pgi/linux86/bin/pgf90: Command not found
make: *** [prec.o] Error 127
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32楼2013-11-22 18:21:57
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WDD880227

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

我用ifort在vasp4.6上成功编译了optics,也用Vasp4.6成功获得了OPTIC文件，但是 ./optics 执行的时候出现报错：
scanning POSCAR, KPOINTS and OPTIC
reading KPOINTS and OPTIC
forrtl: severe (36): attempt to access non-existent record, unit 20, file /hpc/wdd/jobs/ZnO-jdos/opt/OPTIC
Image              PC                Routine            Line        Source            
optics             00000000004D747D  Unknown               Unknown  Unknown
optics             00000000004D5F85  Unknown               Unknown  Unknown
optics             0000000000483690  Unknown               Unknown  Unknown
optics             000000000043C13F  Unknown               Unknown  Unknown
optics             000000000043B972  Unknown               Unknown  Unknown
optics             0000000000454EC7  Unknown               Unknown  Unknown
optics             0000000000453118  Unknown               Unknown  Unknown
optics             0000000000417EC6  Unknown               Unknown  Unknown
optics             0000000000409D3C  Unknown               Unknown  Unknown
optics             00000000004036EC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00000038CB21D994  Unknown               Unknown  Unknown
optics             00000000004035F9  Unknown               Unknown  Unknown

我在optics.f文件中加了几个write ，发现能够从OPTIC中读出总的能带数，价带数，导带数以及K点数目，这证明OPTIC文件是可以读取的，不知道为什么还会出现forrtl: severe (36): attempt to access non-existent record呢？期待楼主帮助
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33楼2014-05-21 10:40:37
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huhujiaqi

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
18楼: Originally posted by bubbywawa at 2009-08-17 18:21:32
现在VASP已推出正式发行的光学包，这个还可靠吗？
不过谢谢共享。

VASP正式光学包，哪里可以下载？O(∩_∩)O谢谢
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34楼2016-11-04 10:40:32
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wuli85楼
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