| 查看: 4435 | 回复: 2 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
lammps学习记录----restart write_restart read_restart 已有1人参与
|
|||
|
Sample Text 在网上看到一个总结很好的，挂下链接~侵删 https://www.360doc.com/content/12/1120/08/8275160_249016551.shtml restart命令是lammps提供的重启动命令。比如驰豫各个计算都要用，可以先单独驰豫一下，生成restart文件，供其他计算直接调用，从而避免每个计算都进行驰豫。 中间写一个restart文件，在文件中记录某个状态的绝大部分信息，restart文件是二进制文件。 restart2data可以将restart的二进制文件转化为文本文件，可以由read_data读入。 restart和write_restart不同点：前者周期性将系统状态写入不同的restart文件，后者写出该命令使用前的系统状态。使用位置也不同： restart files文件必须是N的整数倍才可以输出，与dump不同，dump会输出刚开始的还有如果最后是能量最小化的也会输出，所以可以先用write_restart文件在run之前写一个e二进制文件，对于最后一步是能量最小化，并且收敛的话（N>0），restart会输出最后一步 read_restart是读前两者的文件，开始新的计算 需要注意的是，并不是所有的模拟信息都保存在restart.equil文件中。 比如fix命令就需要在新的模拟文件中重新设置，官方手册已经列举的很全面，有需要可以查查手册。 关于read_restart： 什么信息包括：重建模拟盒子，原子，和他们的分布，以及一些相关的全局设定 根据当前模拟中的处理器数量和处理器命令的设置，将模拟盒子划分为矩形砖的常规3d网格，每个处理器一个。以后可以通过balance或fix balance命令更改分区。 units newton bond (see discussion of newton command below) atom style and atom_modify settings id, map, sort comm style and comm_modify settings mode, cutoff, vel timestep simulation box size and shape and boundary settings atom group definitions per-type atom settings such as mass per-atom attributes including their group assignments and molecular topology attributes (bonds, angles, etc) force field styles (pair, bond, angle, etc) force field coefficients (pair, bond, angle, etc) in some cases (see below) pair_modify settings, except the compute option special_bonds settings 什么没包括：某些fix命令，包括fix shake fix langevin。某些 pair styles，因为计算力的时候依赖于速度，只用half-step的值，而重新读入时，刚开始计算时用的时full-step的速度，这些fix命令包括 granular pair styles, pair dpd, and pair lubricate （个人建议：将fix命令重写） newton pair (see discussion of newton command below) fix commands (see below) compute commands (see below) variable commands region commands neighbor list criteria including neigh_modify settings kspace_style and kspace_modify settings info for thermodynamic, dump, or restart output many-body和tabulated势不能用，需要重新写pair_coeff bond_coeff 等 |
回复此楼» 猜你喜欢
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有16人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有45人回复
-
奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样
已经有11人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有4人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有8人回复
-
应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键
已经有37人回复
-
好奇怪的filecode
已经有7人回复
-
filecode
已经有9人回复
-
请教兼职经验
已经有3人回复
-
职称评审，求友友推荐见刊最快的期刊
已经有5人回复
sanwen2100
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 10328.3
- 散金: 585
- 红花: 8
- 沙发: 18
- 帖子: 3583
- 在线: 179.9小时
- 虫号: 3943497
- 注册: 2015-06-28
- 专业: 固体与表面物理化学
3楼2021-03-27 17:13:47
sanwen2100
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 10328.3
- 散金: 585
- 红花: 8
- 沙发: 18
- 帖子: 3583
- 在线: 179.9小时
- 虫号: 3943497
- 注册: 2015-06-28
- 专业: 固体与表面物理化学
2楼2021-03-27 17:13:30
