| 查看: 4404 | 回复: 2 | |||
[交流]
lammps学习记录----restart write_restart read_restart 已有1人参与
|
|
Sample Text 在网上看到一个总结很好的，挂下链接~侵删 https://www.360doc.com/content/12/1120/08/8275160_249016551.shtml restart命令是lammps提供的重启动命令。比如驰豫各个计算都要用，可以先单独驰豫一下，生成restart文件，供其他计算直接调用，从而避免每个计算都进行驰豫。 中间写一个restart文件，在文件中记录某个状态的绝大部分信息，restart文件是二进制文件。 restart2data可以将restart的二进制文件转化为文本文件，可以由read_data读入。 restart和write_restart不同点：前者周期性将系统状态写入不同的restart文件，后者写出该命令使用前的系统状态。使用位置也不同： restart files文件必须是N的整数倍才可以输出，与dump不同，dump会输出刚开始的还有如果最后是能量最小化的也会输出，所以可以先用write_restart文件在run之前写一个e二进制文件，对于最后一步是能量最小化，并且收敛的话（N>0），restart会输出最后一步 read_restart是读前两者的文件，开始新的计算 需要注意的是，并不是所有的模拟信息都保存在restart.equil文件中。 比如fix命令就需要在新的模拟文件中重新设置，官方手册已经列举的很全面，有需要可以查查手册。 关于read_restart： 什么信息包括：重建模拟盒子，原子，和他们的分布，以及一些相关的全局设定 根据当前模拟中的处理器数量和处理器命令的设置，将模拟盒子划分为矩形砖的常规3d网格，每个处理器一个。以后可以通过balance或fix balance命令更改分区。 units newton bond (see discussion of newton command below) atom style and atom_modify settings id, map, sort comm style and comm_modify settings mode, cutoff, vel timestep simulation box size and shape and boundary settings atom group definitions per-type atom settings such as mass per-atom attributes including their group assignments and molecular topology attributes (bonds, angles, etc) force field styles (pair, bond, angle, etc) force field coefficients (pair, bond, angle, etc) in some cases (see below) pair_modify settings, except the compute option special_bonds settings 什么没包括：某些fix命令，包括fix shake fix langevin。某些 pair styles，因为计算力的时候依赖于速度，只用half-step的值，而重新读入时，刚开始计算时用的时full-step的速度，这些fix命令包括 granular pair styles, pair dpd, and pair lubricate （个人建议：将fix命令重写） newton pair (see discussion of newton command below) fix commands (see below) compute commands (see below) variable commands region commands neighbor list criteria including neigh_modify settings kspace_style and kspace_modify settings info for thermodynamic, dump, or restart output many-body和tabulated势不能用，需要重新写pair_coeff bond_coeff 等 |
回复此楼» 猜你喜欢
filecode
已经有10人回复
-
听说今天filecode变了
已经有3人回复
-
filecode
已经有12人回复
-
大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑
已经有5人回复
-
一个有机合成实验室都需要哪些设备？
已经有12人回复
-
求各位大神看下
已经有33人回复
-
咨询面上基金
已经有7人回复
-
影响面上的因素
已经有11人回复
-
8月时间戳变的，举个手。玩一下，释放压力
已经有11人回复
-
面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！
已经有30人回复
sanwen2100
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 10328.3
- 散金: 585
- 红花: 8
- 沙发: 18
- 帖子: 3583
- 在线: 179.9小时
- 虫号: 3943497
- 注册: 2015-06-28
- 专业: 固体与表面物理化学
2楼2021-03-27 17:13:30
sanwen2100
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 10328.3
- 散金: 585
- 红花: 8
- 沙发: 18
- 帖子: 3583
- 在线: 179.9小时
- 虫号: 3943497
- 注册: 2015-06-28
- 专业: 固体与表面物理化学
3楼2021-03-27 17:13:47
50