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yitahutu银虫 (小有名气)
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【求助】关于BSSE校正问题已有2人参与
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根据以前论坛里的方法，用笛卡尔坐标分成了两个部分，给大家看看输入文件 0,1 O,-3.3139046751,3.274642247,6.6961469946,1 Cl,-1.9921210153,2.8284254822,6.2108903119,1 N,-2.0560431796,1.8169501812,3.1196713198,1 O,-0.9469754243,2.9246414934,7.243712536,1 O,-2.0968552773,1.3742998002,5.7368930013,1 O,-1.5889649023,3.6643874296,4.9988283616,1 H,-2.9276057887,1.8117616447,2.5893536071,1 H,-2.1621562143,1.3158494939,4.0472681451,1 H,-1.2973775872,1.4226590574,2.5460911575,1 H,-1.8309890433,2.7726167925,3.4901079337,1 C,0.1791707932,-1.5342724205,-3.789827674,2 N,1.5954603038,-1.3089088062,-3.9970643158,2 N,-0.1569909123,-2.0755839399,-2.4724737832,2 H,-0.364806944,-0.5905686841,-3.8712871814,2 H,-0.1419847962,-2.2058946396,-4.5855031932,2 C,2.4856006783,-0.7290727289,-2.9709574988,2 N,2.2523893761,-2.094542983,-4.9475905792,2 N,0.1623602984,-3.4152510878,-2.2078664299,2 C,-0.9221957836,-1.3619080904,-1.4898910626,2 O,1.5728782221,-2.6589789345,-5.7922516241,2 O,3.4780468363,-2.0973823387,-4.8608512932,2 O,-0.1199242469,-3.8343142737,-1.0918382862,2 O,0.7206030991,-4.018004671,-3.113832146,2 N,1.7326019313,-0.0050998003,-1.974846693,2 N,-0.0385486629,-0.7335952371,-0.4750940218,2 H,3.1895025574,-0.0572073498,-3.4587005746,2 H,3.0483188023,-1.5197806496,-2.4671457528,2 H,-1.6013802153,-2.04093408,-0.9770263095,2 H,-1.5056755919,-0.5872981496,-1.9936729838,2 命令用的，# MP2/6-31G Counterpoise=2 Opt 但是不能进行计算 不知道是不是哪里有问题，请教高手帮忙看看。第一次做BSSE校正，很多不明白。 [ Last edited by yjcmwgk on 2009-12-14 at 10:11 ] |
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2楼2009-08-06 14:37:23
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转述别人的观点： 用counterpoise关键词（默认取counterpoise=2）自动计算的好处在于方便，不用自己写虚原子，而且还能比手动计算节约磁盘空间。但不利之处在于它对复合体系的能量又重新进行了单点计算（一般我们在优化构型时已经得到了此能量），耽误时间。所以，如果你很在意计算时间，手动计算BSSE倒是不错的选择。在手动计算counterpoise的BSSE时，最好用“元素符号-Bq”的方式（如C-Bq, H-Bq, ...）来定义虚原子，这样做的好处是程序能自动指派基组，而不必费力去使用Gen关键词。 在使用G03计算counterpoise的BSSE时，最常见的程序出错是“Inaccurate quadrature in CalDSu”。其原因往往是在link401中无法确定猜测波函数。在G03中默认的猜测波函数是Harris范函，与G98中的不一样。 另外，如果使用Bq虚原子或Gen基组手动计算BSSE时，也可能出现上述出错。其原因是因为程序的积分格点没有落在虚原子上，因此虚原子上的基函数无法正确进行积分。 其解决办法是： 1. 添加Guess=Indo选项。 2. 去掉对称性限制。如果你的复合体系有对称性或者近似对称且你使用了SYMM=loose选项，那么，有时也会导致上述出错。此时，如果去掉对称性（使用NOSYMM关键词），往往能解决问题。 |
3楼2009-09-01 18:03:58
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7楼2010-04-21 20:52:22
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1、你的分子片段1和分子片段2距离那么老远，根本没有相互作用的可能，系统怎么能opt呢。不跑散了才怪。 2、指定总的与各个分子片的电荷、多重度，直接写成类似 0 1 1 2 -1 2这样子，第一个0 1是总的电荷与多重度，第二个1 2是第一个分子片的，第三个-1 2是第二个分子片的，如果还有其他分子片，以此类推。当然0 1之类的是我随便写的，要具体根据你的实际情况修改。比如写成0 1 0 1 0 1之类的。当然，如果总的和各个分子片的电荷与多重度都一样，比如都是0 1，那么直接只写一个0 1 也没问题，不会出错。 你的体系的错误是我说的第一条。这种初始结构，是优化不出来任何结果的。 还有，你所谓的“但是不能进行计算”，这种说法太……了。什么叫做不能计算，是没有gaussian程序？是提示出错了？有没有log文件？最后几行是什么？“不能计算”，这种说法太莫名其妙了。 |
8楼2010-04-21 21:36:04