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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 生物学分析网站[重复了，不好意思]
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acq613

银虫 (正式写手)

[交流] 生物学分析网站[重复了，不好意思]

综合工具
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

http://www.bionavigator.com , 功能最为完整的网上服务器。包括核酸的酶切位点、motif、开读框等搜索，PCR引物设计，二级结构预测，多序列比较及分子进化树构建，等等；蛋白分析则包括酶切图谱，功能区搜索，分子进化分析，蛋白二级结构预测，等等；此外还提供序列管理等功能。收费站点，但提供两周的全功能免费试用期

http://bioinformatics.weizamann.ac.il/gdp/gdp.html ， 另一个综合性的提供序列分析功能的网站

http://www.hgsc.bcm.tmc.edu ,内容丰富的站点，有数据库及教程、在线分析工具等，常用其预测编码区、搜索启动子和结合位点等功能

编码区统计特性分析

http://cbrg.inf.ethz.ch ,常用其基因预测及验证功能，预测DNA序列的外显子。 还有其它一些在线服务

启动子及调控元件分析

BDGP-promoter

Tfsitescan

内含子/外显子剪接位点

NetGene服务的Email地址是： netgene@cbs.dtu.dk

重复序列分析

CENSOR的Email服务地址是： censor@sharon.lpi.org

XBLAST： ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/jmc

Repbase： ftp://ncbi/nlm.nih.gov/repository/repbase/REF

从氨基酸组成辨识蛋白质

ExPASy： http://www.expasy.ch/tools/

PROSEARCH： http://www.embl-heidelberg.de/prs.html

预测蛋白质的物理性质： 等电点、分子量、酶切特性、疏水性、电荷分布等

ExPASy： http://www.expasy.ch/tools/ ，有较多的蛋白分析工具，包括分子量、亲疏水性、表面积、二级结构、与SWISS-PROT数据库收录分子同源性比较、极性、折射率等分析

FASTA： ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/

SAPS： http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html

跨膜区预测： http://www.isrec.isb-sib.ch/software/tmpred_from.html

蛋白质二级结构预测

nnPredict： http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html

PredictProtein： http://cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/

PredictProtein的国内镜像： http://www.cbi.pku.edu.cn/predictprotein/

SOPMA： http://pbil.ibcp.fr/

二级结构预测： www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict-instrucs.html

卷曲螺旋预测

COILS： http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.html

跨膜区段和在膜上的取向预测

TMpred： http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html

信号肽的剪切位点

SignalP： http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

蛋白质的三维结构

SWISS-MODEL： http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html

CPHmodels： http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/

启动子分析网站：

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/
http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalscan.html
http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html

[ Last edited by acq613 on 2009-8-5 at 23:30 ]
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1楼2009-08-05 23:28:23
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小太阳3369

木虫 (著名写手)

悠悠我心
不错，收藏了
楼主辛苦了
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(*^__^*)嘻嘻……
2楼2009-08-05 23:30:42
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wxy6576338
3楼2009-08-06 00:07:49
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