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【求助】请问如何用DS产生50种构象并保存为PDB文件
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我的课题需要用到一些MD软件，但我是新手，不知道自己该选什么，请大家给一些建议。我想做的是：有两个小分子化合物的化学结构(自由基正离子和质子化离子)，希望用DS 2.1（windows）产生50组合理但是各不相同的空间坐标，并且符合如下PDB格式： 5.44990 1.22120 .21931 12 .55000 6.34392 .23897 .94814 12 .00000 5.42795 -.89568 1.41125 12 -.30000 6.85302 .61697 2.98577 1 .25000 请问具体应该怎么操作？是不是很复杂？多谢！ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:27 ] |
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3楼2009-08-09 08:02:30
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-8 22:32
ahugecat(金币+3,VIP+0):谢谢童心，你说的我之前看到了，但是我不太懂如何分配电荷，因为我的分子里很多共轭双键，不固定加在什么位置。这种情况下，如何设定是自由基正离子或是再增加一个质子，然后再产生相应的conformation.应该怎么做？ 而且现在我产生出来的分子坐标也不是我想要的格式，X,Y,Z 原子量，电荷。 关于net partial charge or net formal charge怎么理解？你有没有什么经验？ 另外，不知还有其它什么软件也可以实现类似功能？最好简单一些的。非常感谢 8-9 08:05
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-8 22:32
ahugecat(金币+3,VIP+0):谢谢童心，你说的我之前看到了，但是我不太懂如何分配电荷，因为我的分子里很多共轭双键，不固定加在什么位置。这种情况下，如何设定是自由基正离子或是再增加一个质子，然后再产生相应的conformation.应该怎么做？ 而且现在我产生出来的分子坐标也不是我想要的格式，X,Y,Z 原子量，电荷。 关于net partial charge or net formal charge怎么理解？你有没有什么经验？ 另外，不知还有其它什么软件也可以实现类似功能？最好简单一些的。非常感谢 8-9 08:05
| 很简单，DS里面的conformation就可以直接生成多构象，默认是255个，至于你说的合理不合理，那要看你后面使用的时候通过各种打分函数判断了。 |
2楼2009-08-08 21:03:07