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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 求助pai-pai堆积作用的距离计算？
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sxm19830516

金虫 (正式写手)

[交流] 求助pai-pai堆积作用的距离计算？

做了一个phen 晶体，不知道怎么去计算其pai-pai堆积作用的距离？哪位高手指点一下，本人是晶体初学者，请讲详细些，谢谢！
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1楼 2009-08-03 18:23:34
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yy0520yy

金虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★
sxm19830516(金币+5,VIP+0):谢谢，我试一试。 8-4 07:20
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 8-11 14:37
你有没有PLaton？将res文件或是cif导入后，start----Graphical menu------calcu  all在得到的文件lps中可以找到派派作用，氢键和大部分数据！
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2楼2009-08-03 19:04:01
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sxm19830516

金虫 (正式写手)
我试了，只看到氢键，没看到pai-pai堆积数据，可能是我没看懂。
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3楼2009-08-05 09:31:55
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
sxm19830516(金币+5,VIP+0):谢谢 8-5 13:52
引用回帖:
Originally posted by sxm19830516 at 2009-8-5 09:31:
我试了，只看到氢键，没看到pai-pai堆积数据，可能是我没看懂。

那可能就是没有.
你可以在xp中, 用cent/x的命令, 再看看.
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xi2004-emuch@163.com
4楼2009-08-05 10:06:51
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paopaomeng

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
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waiy2001(金币+2,VIP+0):谢谢 8-11 16:19
你看看这个帖子就明白了：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1043043
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经历了“删除门”，有点晕！
5楼2009-08-11 14:38:16
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crystalccdc

银虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
waiy2001(金币+3,VIP+0):谢谢交流 8-11 16:19
PLATON常用功能1---画图（ORTEP格式）


常用的有
Graphic里的ORTEP/ADP,点击此选项可以画出类似ORTEP要求的图片，但是比ORTEP-3用起来要方便的多

Incl-H atoms  可以让你选择是否显示H原子

Probability 让您选择椭球度（10%-90%）

ViewOptions 让您选择程序认为的重叠最少的几个视角，如果还是遮挡，则用RotX,RotY,RotZ来调节

LablSize调节标号的大小

Decoration 可以让土周围的那些字去掉（点一下您就知道了）

最后画完了，点击b&w-EPS-col,点击时，偏左即选择黑白，偏右即彩色

这时在您的数据所在的原文件夹中产生一个  .ps各式的文件，用photoshop 等软件打开即可。



Platon常用功能2--计算晶体结构及结果的读取


计算起来比较方便，用calc all 功能即可
结果保存在platon.lis或platon.lst文件中
但是数据读起来非常麻烦
为了方便大家使用，我们列出了最常见的六种结果，给大家提供了搜索词，需要计算这些结果的，只需要在用写字板或记事本打开文件后，用 查找 功能查找这些词就可以了
1. 元素的热振动因子情况统计：
搜索词：Averages per Element示例：
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
          Non-H    C      H     Eu      N      O
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Average  0.0502 0.0528 0.0677 0.0312 0.0410 0.0501
Minimum  0.0282 0.0282 0.0250 0.0312 0.0379 0.0321
Maximum  0.1410 0.1410 0.1692 0.0312 0.0485 0.0909
Ratio    5.0000 5.0000 6.7676 1.0000 1.2797 2.8318
Number       56     32     32      1      7     16
2. 计算3元-24元环平面
搜索词：Nr示例：
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Nr  1       P             Q             R             S     Sigref  0.003     Sigpln  0.006     Chisq       8.2    Pl.Hyp.    P<5
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Ring     0.9488(6)   -0.1535(17)   -0.2760(17)       3.45(2) #O(3)    0.003(2) #N(2)   -0.003(3) #N(3)    0.005(4) #C(16)  -0.005(4)
说明：Nr 1代表第一个环
#O(3)    0.003(2) #N(2)   -0.003(3) #N(3)    0.005(4) #C(16)代表这个环（或者平面）是由O(3) N(2) C(16)组成的
3.计算二面角：
搜索词：Angles (Degrees) Between Planes示例：
1, 2=    75.1(3)   1, 3=   1.95(19)   1, 4=     3.6(2)   1, 5=    72.0(2)   1, 6=   8.62(14)   1, 7=  57.37(17)   1, 8=  61.32(19)
1, 9=  86.15(17)   1,10=  52.05(18)   1,11=  34.29(19)   1,12=   1.95(15)   1,13=    19.0(2)   1,14=    20.5(2)   1,15=    39.6(2)
1,16=    75.3(2)   1,17=    14.2(2)   1,18=  72.05(19)   2, 3=    74.0(3)   2, 4=    72.0(3)   2, 5=     4.8(3)   2, 6=    73.7(2)
2, 7=    69.6(2)   2, 8=    31.5(3)   2, 9=    19.4(2)   2,10=    58.4(3)   2,11=    80.4(3)   2,12=    73.5(2)   2,13=    83.6(3)
说明：1, 2=    75.1(3)代表由环1、环2平面的二面角为75.1(3)度
4.计算平面Q, T值（每个原子偏离由该组原子构成平面的程度）
搜索词：Ring Puckering Analysis示例：
====================================================================================================================================
6-Membered Ring ( 1)   Cu(1)  -->   O(3)   -->   C(21)  -->   C(16)  -->   C(15)  -->   N(3)   -->------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
                                           sp3          sp2          sp2          sp2          sp2
Dev. (Ang)                -0.2468       0.1930      -0.0247      -0.0898       0.0361       0.1322
Cs(I)-Asym-Par (Deg)         9.47        17.77        27.11         9.47        17.77        27.11
C2(I)-Asym-Par (Deg)        41.03        38.18        32.23        41.03        38.18        32.23
Ring Bond Angle(Deg)        91.46       125.24       122.00       122.78       127.35       121.97
Tors(I-J) (Deg)                  33.15       -26.30         1.64         4.54        12.84       -26.10
Cs(I-J)-Asym-Par   (Deg)         38.44        28.94        35.98        38.44        28.94        35.98
C2(I-J)-Asym-Par   (Deg)          7.92        31.08        26.11         7.92        31.08        26.11
Ring Bond Distance (Ang)        1.9005       1.3627       1.4050       1.4777       1.2575       2.0189
Weighted Average Ring Bond Distance = 1.5704(999,999) Ang. - NOTE: 1st esd. Internal, 2nd esd External.
Weighted Average Abs. Torsion Angl. =  17.43( 41,528) Deg.   see: e.g. Domenicano et al., Acta Cryst.(1975), B31, 221-234.
Cremer & Pople Puckering Parameters  [D. Cremer & J.A. Pople, J.Amer.Chem.Soc., 97, (1975), 1354-1358]
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Q(2)  =          0.2978 Ang.,  Phi(2)        =191.7850 Deg
Q(3)  =         -0.1922 Ang.
:: C & P - Puckering Analysis may be DUBIOUS since %(Bond Distance Range/Average) =  48.5 >  25.0 %

Puckering Amplitude (Q) =         0.3544 Ang, Theta =         122.84 Deg,  Phi        =191.7850 Deg
说明：该六元环由Cu(1)  -->   O(3)   -->   C(21)  -->   C(16)  -->   C(15)  -->   N(3)组成
      计算结果为Puckering Amplitude (Q) =         0.3544 Ang, Theta =         122.84 Deg,  Phi        =191.7850 Deg
      但有时程序不能计算Puckering，如果计算的话就会给出数值。
5.pi-pi等弱相互作用
搜索词：Short Ring-Interactions示例：
====================================================================================================================================
Analysis of Short Ring-Interactions with Cg-Cg Distances <   6.0 Angstrom and Beta < 60.0 Deg.
====================================================================================================================================
- Cg(I)    = Plane number I (= ring number in () above)
- Alpha    = Dihedral Angle between Planes I and J (Deg)
- Beta     = Angle Cg(I)-->Cg(J) or Cg(I)-->Me vector and normal to plane I (Deg)
- Gamma    = Angle Cg(I)-->Cg(J) vector and normal to plane J (Deg)
- Cg-Cg    = Distance between ring Centroids (Ang.)
- CgI_Perp = Perpendicular distance of Cg(I) on ring J (Ang.)
- CgJ_Perp = Perpendicular distance of Cg(J) on ring I (Ang.)
- Slippage = Distance between Cg(I) and Perpendicular Projection of Cg(J) on Ring I (Ang).
- P,Q,R,S  = J-Plane Parameters for Carth. Coord. (Xo, Yo, Zo)

Cg(I) Res(I)   Cg(J)  [   ARU(J)]       Cg-Cg   Transformed J-Plane P, Q, R, S   Alpha    Beta   Gamma CgI_Perp CgJ_Perp Slippage

Cg(1)  [ 1] -> Cg(1)  [  3665.01]    4.282(2)  -0.9488 0.1535 0.2760   -0.0349    0.00   37.10   37.10   3.415   3.415   2.583
Cg(1)  [ 1] -> Cg(1)  [  3765.01]    4.299(2)  -0.9488 0.1535 0.2760   -6.9128    0.00   36.35   36.35   3.463   3.463   2.548
Cg(1)  [ 1] -> Cg(2)  [  1455.01]    5.489(3)  -0.0914-0.4701 0.8779   -1.6886   75.12   51.28   56.49   3.030   3.433
Cg(1)  [ 1] -> Cg(2)  [  1555.01]    5.099(3)  -0.0914-0.4701 0.8779   -2.3511   75.12   47.51   62.33   2.368   3.445
Cg(1)  [ 1] -> Cg(3)  [  3665.01]    4.267(2)  -0.9528 0.1199 0.2790   -0.4655    1.95   37.13   38.43   3.342   3.402
Cg(1)  [ 1] -> Cg(3)  [  3765.01]    5.939(2)  -0.9528 0.1199 0.2790   -7.3721    1.95   54.17   53.12   3.565   3.476
Cg(1)  [ 1] -> Cg(4)  [  3665.01]    5.891(2)  -0.9462 0.0999 0.3079   -0.6473    3.58   55.13   55.82   3.309   3.367
Cg(1)  [ 1] -> Cg(4)  [  3765.01]    4.357(2)  -0
里面的符号如Cg-Cg等在数据前面都有解释：
Cg-Cg环重心间的距离
CgI_Perp环I到环J的垂直距离
6.氢键作用分析
搜索词：Potential Hydrogen Bonds示例：
====================================================================================================================================
Analysis of Potential Hydrogen Bonds and Schemes with d(D...A) < R(D)+R(A)+0.50, d(H...A) < R(H)+R(A)-0.12 Ang., D-H...A > 100.0 Deg
====================================================================================================================================
Note: - ARU codes in [] are with reference to the Coordinates printed above (Possibly transformed, when MOVE .NE. 1.555)
====================================================================================================================================

Nr Typ Res Donor --- H....Acceptor [    ARU  ]      D - H      H...A      D...A  D - H...A    A..H..A* A'..H..A" Sum(XY,YZ)  Sum(XZ)
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
1 Intra 1 O(3)  --H(37)  ..O(4)   [         ]       0.91       2.24     2.6084        104
2       1 O(3)  --H(37)  ..O(5)   [  2755.01]       0.91       2.11     2.9767        161'        85'              350.00
3 Intra 1 O(6)  --H(38)  ..O(7)   [         ]       0.89       2.18     2.6027        108
4       1 O(6)  --H(38)  ..O(10)  [  2665.01]       0.89       2.09     2.9482        163'        88'              359.00
5       1 O(5)  --H(39)  ..O(1)   [  2755.01]       0.90       2.14     2.8616        137
6       1 O(5)  --H(39)  ..O(2)   [  2755.01]       0.90       2.24     3.0557        150'        72'              359.00
7       1 O(5)  --H(40)  ..O(3)   [  2755.01]       0.89       2.40     2.9767        122
8       1 O(5)  --H(40)  ..O(4)   [  2755.01]       0.89       2.12     2.9481        153'        70'              345.00
9       1 O(10) --H(41)  ..O(6)   [  2665.01]       0.89       2.52     2.9482        110
10       1 O(10) --H(41)  ..O(7)   [  2665.01]       0.89       2.08     2.9566        166'        68'              344.00
11       1 O(10) --H(42)  ..O(8)   [  2665.01]       0.90       2.21     2.9609        141
12       1 O(10) --H(42)  ..O(9)   [  2665.01]       0.90       2.20     2.9627        143'        72'              356.00
         3>O(15) --H(44)  .. ?                       0.90

13       1 C(1)  --H(1)   ..N(7)   [  2655.01]       0.93       2.40     3.3012        163
14 Intra 1 C(36) --H(36A) ..O(3)   [         ]       0.97       2.50     3.3334        144
15       1 C(36) --H(36B) ..O(11)  [  2665.02]       0.97       2.49     3.3706        151

Translation of ARU-code to Equivalent Position Code
===================================================
   [  2755. ]  = 2-x,-y,-z
   [  2665. ]  = 1-x,1-y,-z
   [  2655. ]  = 1-x,-y,-z   
说明：分析出分子内氢键（intra）和分子间氢键（标有对称性代码的如2755.01，对称操作见底部的注释：[  2755. ]  = 2-x,-y,-z）
      需要指出，platon有时计算的值是错误的，最好用mercury检查一下，相差太大肯定就有问题。

[ Last edited by crystalccdc on 2009-8-11 at 16:16 ]
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6楼2009-08-11 16:14:52
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jfma

新虫 (小有名气)
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paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 8-26 09:50
芳香环间的相互作用

1、作用模型

2、判断芳香环间相互作用的步骤
1）找出有可能与所研究芳香环存在相互作用的所有其它芳香环。
A、在XP中，找出独立区内所有芳香环的质心位置。
B、若其它芳香环质心与所研究芳香环质心距离l ，则芳香环间可能存在相互作用。
2）在l 的情况下，计算其它芳香环质心与所研究芳香环所处平面的距离d。若d ，则芳香环间可能存在相互作用。
3）在l ，且d 的情况下，计算其它芳香环与所研究芳香环的滑程s。若s ，则芳香环间确实存在相互作用。
      滑程Slippage s = (l 2-d 2)1/2
4）在l ，d ，s 的情况下，若两个芳香环所处平面的夹角小于20度，则两芳香环间的作用为π-π堆积；若大于20度，则为C-H…π作用。
5）描述两芳香环间的作用时，应提供d值、s 值，并指明是π-π堆积，还是C-H…π作用。

3、实例
1）相关指令意义：
cent  计算并显示所指定原子的中心位置，如，cent C1 to C5 将计算这5个原子的中心点坐标。
mpln  MPLN KEYWORDS 计算所指定原子所形成的最小二乘平面，并计算该平面与先前用MPLN或LINE指令所计算的平面的法线或矢量所形成的夹角。

2）操作过程：
在XP中
》read _.res
》fmol all
》proj
》cent/x c1 c2 c3 c4 c5 n1　　　　　苯环上的原子（生成x1a质心）
》cent/x c4 c5 c6 c7 c8 c9　　　　　另一个苯环上的原子（生成x1b质心）
》proj 　　　　　　　　　　　　　（看一下质心位置）
》envi x1a 4.0　　　　　　　　　（找出到x1a距离4.6内的共有几个质心）
》sgen 3776 x1a 　　　　　　　　　(生成到x1a距离4.6内的质心)
》sgen 5755 x1a x1b　　　　　　　　(生成到x1a距离4.6内的质心)
》mpln c1 c2 c3 c4 c5 n1 　　　　　　　（看质心到平面间的距离）
     若质心到平面间的距离小于3.9，则进一步计算滑程。
》envi x1b 4.0 　　　　　　　　(找出到x1b距离4.6内的共有几个质心)
》sgen 5755 x1a x1b　　　　　　　　(生成到x1b距离4.6内的质心)
》… …
》quit
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7楼2009-08-11 17:46:37
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sxm19830516

金虫 (正式写手)
多谢各位！
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8楼2009-08-13 12:51:16
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
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7楼的回答好棒. 学习了.  



芳香环间的相互作用

1、作用模型

2、判断芳香环间相互作用的步骤
1）找出有可能与所研究芳香环存在相互作用的所有其它芳香环。
A、在XP中，找出独立区内所有芳香环的质心位置。
B、若其它芳香环质心与所研究芳香环质心距离l ，则芳香环间可能存在相互作用。
2）在l 的情况下，计算其它芳香环质心与所研究芳香环所处平面的距离d。若d ，则芳香环间可能存在相互作用。
3）在l ，且d 的情况下，计算其它芳香环与所研究芳香环的滑程s。若s ，则芳香环间确实存在相互作用。
      滑程Slippage s = (l 2-d 2)1/2
4）在l ，d ，s 的情况下，若两个芳香环所处平面的夹角小于20度，则两芳香环间的作用为π-π堆积；若大于20度，则为C-H…π作用。
5）描述两芳香环间的作用时，应提供d值、s 值，并指明是π-π堆积，还是C-H…π作用。

3、实例
1）相关指令意义：
cent  计算并显示所指定原子的中心位置，如，cent C1 to C5 将计算这5个原子的中心点坐标。
mpln  MPLN KEYWORDS 计算所指定原子所形成的最小二乘平面，并计算该平面与先前用MPLN或LINE指令所计算的平面的法线或矢量所形成的夹角。

2）操作过程：
在XP中
》read _.res
》fmol all
》proj
》cent/x c1 c2 c3 c4 c5 n1　　　　　苯环上的原子（生成x1a质心）
》cent/x c4 c5 c6 c7 c8 c9　　　　　另一个苯环上的原子（生成x1b质心）
》proj 　　　　　　　　　　　　　（看一下质心位置）
》envi x1a 4.0　　　　　　　　　（找出到x1a距离4.6内的共有几个质心）
》sgen 3776 x1a 　　　　　　　　　(生成到x1a距离4.6内的质心)
》sgen 5755 x1a x1b　　　　　　　　(生成到x1a距离4.6内的质心)
》mpln c1 c2 c3 c4 c5 n1 　　　　　　　（看质心到平面间的距离）
     若质心到平面间的距离小于3.9，则进一步计算滑程。
》envi x1b 4.0 　　　　　　　　(找出到x1b距离4.6内的共有几个质心)
》sgen 5755 x1a x1b　　　　　　　　(生成到x1b距离4.6内的质心)
》… …
》quit
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xi2004-emuch@163.com
9楼2009-08-13 16:30:08
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yy0520yy

金虫 (职业作家)
学习了！！！
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10楼2010-02-06 16:10:20
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