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fengzheng770

铜虫 (初入文坛)

[交流] 为什么查到的cDNA序列PolyA后面还会有序列?已有5人参与

为什么在genbank数据库查到的cDNA序列有些在polyA后面还有序列,不是本身mRNA就是以polyA结束的吗?反转录时引物是oligo(dt)?怎么会出现序列?
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xumin-0120

铁虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by cowboy1868 at 2011-04-24 13:53:29:
我最近用race克隆了一条mRNA序列(带有polyA结构),可是测序(在本实验室测的)的时候出来的结果是,序列读到polyA就没法往下读了,序列太杂了,读不下去了,但是polyA峰图倒是很清晰。这种情况我该怎么解决测 ...

race一般需要克隆测序,这样比较准确。
我之前也是,直接对PCR产物测序,效果很不好,前面引物基本丢失,而后面又很杂。克隆测序后,就没有该问题。所以建议你克隆测序,至少要挑10个单克隆菌种扩大培养送菌液测序,以保证结果的可靠性。祝好运~
15楼2011-04-26 21:00:58
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michaelwuqingyu

金虫 (正式写手)

3' UTR 是应该在poly A tail之前的。有多长?
3楼2009-08-03 07:57:07
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fengzheng770

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by michaelwuqingyu at 2009-8-3 07:57:
3' UTR 是应该在poly A tail之前的。有多长?

大概长50多,查到的mRNA序列也不太一致,polyA后面的序列有长有短。

如AF141379 ,在AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA后面有一段序列,然后又是AAAAAAAAAAAAAAAA,经和同源序列比较,第一个AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA后面就应该结束了,而后面的序列和AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA是什么?
ATCCAGCCTCCAAAATGATCCAAGTTCTCTTGGTAACCATATGCTTAGCAGCTTTTCCTTATCAAGGGAG
CTCTATAATCCTGGAATCTGGGGACGTGAATGATTATGAAGTAGTCTATCCACGAAAAGTCACTGCATTG
CCCAAAGGAGCAGTTCAGCAAAAGTATGAAGACGCCATGCAATATGAATTTAAAGTGAATGGAGAGCCAG
TGGTCCTTCACCTGGAAAAAAATAAACATCTTTTTTCAAAAGATTACAGCGAGACTCATTATTCCCCTGA
TGGCAGAGAAATTACAATAAACCCTCCGGTTGAGGATCACTGCTATTATCATGGACGCATCGAGAATGAT
GGTGACTCAACTGCAAGCATCAGTGCATGCAATGGTTTGAAAGGAAATTTCAAGCTTCAAGGGGAGACGT
ACCTTATTGAACCCATGAAGCTTTCTGACAGTGAAGCCCATGCAGTCTTCAAATATGAAAATGTAGAAAA
AGATGAGGCCCCCAAAATGTGTGGGGTAACCCAGAAGTGGAAATCATATGAGCCCATCAAAAAGATCTCT
CAGTTAAATCTTATTCCTGAACAACAAATCTATGACCCCTTCAAATACGTTGAGACTGTCGTTGTTGTGG
ACAAAGCAATGGTCACAAAATACAATGGCGATTTAGATAAGATAATAACAAAAATGTACGAAGCTGCCAA
CAATATGAATGAGATGTACAGATATATGTTTTTTCGTGTAGTAATGGTTGGCCTAATAATTTGGACCGAA
GAAGATAAGATTACCGTGAAGCCAGATGTGGATTATACTTTGAACGCATTTGCAGAATGGAGAAAAACAT
ATTTGCTGGCTGAGAAAAAACATGATAATGCTCAGTTAATCACGGGCATTGACTTCCGAGGAAGCATTAT
AGGATACGCTTACATTGGCAGCATGTGCCACCCGAAGCGTTCTGTAGGAATTATTCAGGATTATAGCCCA
ATAAATCTTGTGCTTGCCGTTATAATGGCCCATGAGATGGGTCATAATCTGGGCATACATCATGACGACG
GTTACTGTTATTGCGGTGGTTACCCATGCATTATGGGTCCCTCGATAAGCCCTGAACCTTCCAAATTTTT
CAGCAATTGTAGTTATATCCAATGTTGGGACTTTATTATGAATCACAACCCAGAATGCATTGACAATGAA
CCCTTGGGAACAGATATTATTTCACCTCCACTTTGTGGAAATGAACTTTTGGAGGTGGGAGAAGAATGTG
ACTGTGGCACTCCTGAAAATTGTCAAAATGAGTGCTGCGATGCTGCAACGTGTAAACTGAAGTCAGGGTC
ACAGTGTGGACATGGAAAATGTTGTGAGCAATGCAAATTTAGGACATCAGGAACAGAATGCCGGGCATCA
ATGAGTGAATGTGACCCAGCTGAACACTGCACTGGCCAATCTTCTGAGTGTCCTGCAGACGTCTTCCATA
AGAATGGGGAACCATGCCTAGATAACTACGGTTACTGCTACAATGGGAATTGCCCCATCATGTATCACCA
ATGTTATGCTCTCTTTGGTGCAGAAGTTTATGAGGCTGAAGATTCATGTTTTGAGAGTAACAAGAAAGGC
AATTATTATGGCTACTGCAGAAAGGAAAATGGTAAAAAGATTCCATGTGCATCAGAAGATGTAAAATGTG
GCAGGTTATACTGCAAAGATGATTCACCTGGACAAAATAATCCTTGCAAGATGTTCTATTCCAATGACGA
TGAACATAAGGGAATGGTTCTTCCTGGAACAAAATGTGCAGATGGAAAGGTCTGCAGCAACGGGCATTGT
GTTGATGTGACTACAGCCTACTAGTCAACCTCTGGCTTTGATTTTGGAGATCCTCCTTCCAGAAGGTTTG
GCTTCTCTCAAGTCCAAAGAGATCCATCTGCCTGTATCTTACTAGTAAATCACCCTTAGCTTCCAGATGG
CATCCAAATTCAGCAATATTTCTTCACCATATTTAATCTGTTTACCTTTTGCTGTAATCAAACCTTTTCC
CCACCACAAAGCTCCATGGGCATGTACAACACACCAAGGGCTTATTTGCTGTCAAGAAAAAAATGGCCAT
TTTACCATTTGCCAATTGCAGAGCACATTTAATACAACAAGTTCTGCCTTTTGAGCTGGTGTATTCGAAG
TCAATGCTTCCTCTTCCAAACTTTTGTGCTGGCTTTCCAAGATGTAGCTGCTTCCATCAATAAACTATTT
TCATTCTGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTTTACTTTGATGTGATGCTGTG
CAAGCAAGGTATCACAGATGTAAAAGCAGCTTTGGTGGTCGAAATATCTGTCTGCAGGGGAAACACGAAA
CATTCCTTGTTTACTGAACCAGATTTGCAGCCTTCCGGATACTAACAGTCTCTTATGTCTCTGATTGTTT
CAGTTTGTAAAGAGAAGCTTTTAAAAGAAATCCTTAAAATCAAAAAAAAAAAAAAAAA
4楼2009-08-04 18:07:26
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fengzheng770

铜虫 (初入文坛)

有没有人知道?帮忙解答,谢谢谢谢
5楼2009-08-05 09:18:37
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