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sprayan

铜虫 (初入文坛)

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[交流] 【求助】[求助]用高斯算分子间作用力

想用高斯计算两个分子间的弱作用力（如氢键等）。现在将两个分子各自优化了（在别人的指导下，选择的B3LYP cc-pVDZ基组），得到能量（Ａ），能量（Ｂ）。然后想把这两个分子合起来优化，希望得到一个能量（Ａ＋Ｂ），用能量（Ａ）+能量（Ｂ）跟能量（Ａ+B)的差值来衡量两者间的作用。

想问的是，怎样优化A+B.　
（１）搭建分子的时候，就按照自己预想的氢键作用点把Ａ和Ｂ摆在一起了。有什么方法让程序自动寻找可能的作用点么？
（２）写ｇｊｆ输入文件的时候，如果用三维坐标作为原子参数，应该注明为两个分子，还是直接把A+B 作为一个分子优化呢？

看出来是外行了吧，轻拍

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1楼 2009-08-02 05:06:04

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neweroica

木虫 (著名写手)

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lei0736(金币+6,VIP+0):谢谢 8-3 20:13
sprayan(金币+10,VIP+0):多谢指点。待我慢慢消化消化 8-3 09:01

引用回帖:

Originally posted by sprayan at 2009-8-2 05:06:
想用高斯计算两个分子间的弱作用力（如氢键等）。现在将两个分子各自优化了（在别人的指导下，选择的B3LYP cc-pVDZ基组），得到能量（Ａ），能量（Ｂ）。然后想把这两个分子合起来优化，希望得到一个能量（Ａ＋Ｂ），用能量（Ａ）+能量（Ｂ）跟能量（Ａ+B)的差值来衡量两者间的作用。

具体方法的使用跟作用力性质有关：

1. 强氢键（X--H ... Y, X,Y=O, F,Cl等），用B3LYP还是说得过去的。为保险起见，可以尝试其他泛函，如PBE，PW91等等，然后进行比较。

2. 弱氢键（X=C, Y=S等），用密度泛函就差得较远，不过基本几何构型还凑合，但作用能误差可能会很大。

3. 范德华作用，密度泛函基本不行。但你可以尝试一些新泛函M05-2X等，或者采用DFT+D（即在DFt能上加经验色散作用校正项）。不过，这些方法都很取决于具体体系，局限性较大，使用时得小心。

4. 如果你的体系不是很大，而且机器允许，可以用更可靠的post-HF方法，如MP2，MP3，甚至MP4，或者CCSD，CCSD(T)等。不过使用这些方法时，基组不能取得太小（最小是6-31+G*），否则结果还是不合理——因为这些方法中的相关能校正项目是基于HF的波函数的。

5. 如果基组不是很大的话，计算作用能时需要考虑BSSE校正。

关于分子间作用力的量化计算，PCCP有一期有个专刊系列，你可以查一下。

引用回帖:

想问的是，怎样优化A+B.　
（１）搭建分子的时候，就按照自己预想的氢键作用点把Ａ和Ｂ摆在一起了。有什么方法让程序自动寻找可能的作用点么？

我没听说过这样的程序。不过，如果仅仅找“可能的作用点”，一般目测即可（用化学常识判断）。要稍精确些，可以多给几种可能的初始猜测构型，然后固定A和B自身的几何构型进行优化。

引用回帖:

（２）写ｇｊｆ输入文件的时候，如果用三维坐标作为原子参数，应该注明为两个分子，还是直接把A+B 作为一个分子优化呢？

不用注明两个分子——除非在计算BSSE单点（甚至优化构型，但这相当耗时）时才需要指明分子1和分子2。

[ Last edited by neweroica on 2009-8-3 at 07:16 ]