| 查看: 1948 | 回复: 11 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
[交流]
【求助】[求助]用高斯算分子间作用力
|
|||
|
想用高斯计算两个分子间的弱作用力（如氢键等）。现在将两个分子各自优化了（在别人的指导下，选择的B3LYP cc-pVDZ基组），得到能量（Ａ），能量（Ｂ）。然后想把这两个分子合起来优化，希望得到一个能量（Ａ＋Ｂ），用能量（Ａ）+能量（Ｂ）跟能量（Ａ+B)的差值来衡量两者间的作用。 想问的是，怎样优化A+B. （１）搭建分子的时候，就按照自己预想的氢键作用点把Ａ和Ｂ摆在一起了。有什么方法让程序自动寻找可能的作用点么？ （２）写ｇｊｆ输入文件的时候，如果用三维坐标作为原子参数，应该注明为两个分子，还是直接把A+B 作为一个分子优化呢？ 看出来是外行了吧，轻拍  |
回复此楼» 猜你喜欢
华南师范大学广州市光谱分析与功能探针重点实验室诚招青年英才和博士后岗位研究人员
已经有11人回复
-
华南师范大学广州市光谱分析与功能探针重点实验室诚招青年英才和博士后岗位研究人员
已经有10人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有171人回复
-
已知面上挂了，小学校实验方向无平台，感觉太难了
已经有26人回复
-
求助各位大佬，球球了，在这科萨头
已经有0人回复
-
求标准卡片Cu0.4In0.4Zn1.2S2 PDF#32-0340
已经有2人回复
-
量子点电致发光器件（QLED）：蓝光量子点（QDs）和纳米氧化锌电子传输材料
已经有0人回复
-
七嗪类物质合成求助
已经有0人回复
-
需要一个圆偏振光诱导化学反应，请问使用圆偏振光作为光源，应该需要哪些设备搭建
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
2楼2009-08-02 07:29:23
zhou2009
版主 (著名写手)
- QC强帖: 15
- 应助: 337 (大学生)
- 贵宾: 4.053
- 金币: 42654.6
- 红花: 153
- 帖子: 1729
- 在线: 1274.7小时
- 虫号: 676800
- 注册: 2008-12-18
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
3楼2009-08-02 08:55:38
lsq_phi
木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 7759.2
- 散金: 10
- 红花: 1
- 帖子: 1079
- 在线: 234.7小时
- 虫号: 808341
- 注册: 2009-07-13
- 专业: 色谱分析
4楼2009-08-02 09:35:08
5楼2009-08-03 00:35:15
neweroica
木虫 (著名写手)
- 应助: 53 (初中生)
- 金币: 5042.5
- 散金: 301
- 红花: 31
- 帖子: 2480
- 在线: 216.9小时
- 虫号: 36775
- 注册: 2004-02-11
- 专业: 理论和计算化学
6楼2009-08-03 06:58:55
neweroica
木虫 (著名写手)
- 应助: 53 (初中生)
- 金币: 5042.5
- 散金: 301
- 红花: 31
- 帖子: 2480
- 在线: 216.9小时
- 虫号: 36775
- 注册: 2004-02-11
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+6,VIP+0):谢谢 8-3 20:13
sprayan(金币+10,VIP+0):多谢指点。待我慢慢消化消化 8-3 09:01
lei0736(金币+6,VIP+0):谢谢 8-3 20:13
sprayan(金币+10,VIP+0):多谢指点。待我慢慢消化消化 8-3 09:01
|
具体方法的使用跟作用力性质有关： 1. 强氢键（X--H ... Y, X,Y=O, F,Cl等），用B3LYP还是说得过去的。为保险起见，可以尝试其他泛函，如PBE，PW91等等，然后进行比较。 2. 弱氢键（X=C, Y=S等），用密度泛函就差得较远，不过基本几何构型还凑合，但作用能误差可能会很大。 3. 范德华作用，密度泛函基本不行。但你可以尝试一些新泛函M05-2X等，或者采用DFT+D（即在DFt能上加经验色散作用校正项）。不过，这些方法都很取决于具体体系，局限性较大，使用时得小心。 4. 如果你的体系不是很大，而且机器允许，可以用更可靠的post-HF方法，如MP2，MP3，甚至MP4，或者CCSD，CCSD(T)等。不过使用这些方法时，基组不能取得太小（最小是6-31+G*），否则结果还是不合理——因为这些方法中的相关能校正项目是基于HF的波函数的。 5. 如果基组不是很大的话，计算作用能时需要考虑BSSE校正。 关于分子间作用力的量化计算，PCCP有一期有个专刊系列，你可以查一下。 我没听说过这样的程序。不过，如果仅仅找“可能的作用点”，一般目测即可（用化学常识判断）。要稍精确些，可以多给几种可能的初始猜测构型，然后固定A和B自身的几何构型进行优化。 不用注明两个分子——除非在计算BSSE单点（甚至优化构型，但这相当耗时）时才需要指明分子1和分子2。 [ Last edited by neweroica on 2009-8-3 at 07:16 ] |
7楼2009-08-03 07:12:11
piaoma
木虫 (小有名气)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 2725.5
- 散金: 157
- 帖子: 162
- 在线: 590.2小时
- 虫号: 201836
- 注册: 2006-02-28
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
8楼2009-08-03 20:19:11
neweroica
木虫 (著名写手)
- 应助: 53 (初中生)
- 金币: 5042.5
- 散金: 301
- 红花: 31
- 帖子: 2480
- 在线: 216.9小时
- 虫号: 36775
- 注册: 2004-02-11
- 专业: 理论和计算化学
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-3 22:13
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-3 22:13
9楼2009-08-03 21:11:12
piaoma
木虫 (小有名气)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 2725.5
- 散金: 157
- 帖子: 162
- 在线: 590.2小时
- 虫号: 201836
- 注册: 2006-02-28
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
10楼2009-08-04 12:49:32