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sprayan

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】[求助]用高斯算分子间作用力

想用高斯计算两个分子间的弱作用力(如氢键等)。现在将两个分子各自优化了(在别人的指导下,选择的B3LYP cc-pVDZ基组),得到能量(A),能量(B)。然后想把这两个分子合起来优化,希望得到一个能量(A+B),用能量(A)+能量(B)跟能量(A+B)的差值来衡量两者间的作用。

想问的是,怎样优化A+B. 
(1)搭建分子的时候,就按照自己预想的氢键作用点把A和B摆在一起了。有什么方法让程序自动寻找可能的作用点么?
(2)写gjf输入文件的时候,如果用三维坐标作为原子参数,应该注明为两个分子,还是直接把A+B 作为一个分子优化呢?

看出来是外行了吧,轻拍
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yoghurt117

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-4 20:17
sprayan(金币+5,VIP+0): 8-4 15:05
初始结构可以用AM1先试着算算,AM1算氢键还是比较好的
I am 废Man! 把握住每一刻才是最重要的!
11楼2009-08-04 15:46:30
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 8-2 13:27
sprayan(金币+5,VIP+0):谢谢回复。那范德华力该用什么算呢? 8-2 10:32
量化方法不能计算vdW 力
2楼2009-08-02 07:29:23
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zhou2009

版主 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-2 13:27
sprayan(金币+5,VIP+0):谢谢回复 8-2 10:33
如果算氢键,优化A+B时:
(1)搭建分子的时候,就按照自己预想的氢键作用点把A和B摆在一起优化。
(2)写gjf输入文件的时候,如果用三维坐标作为原子参数,直接把A+B 作为一个分子优化。
3楼2009-08-02 08:55:38
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lsq_phi

木虫 (著名写手)


sprayan(金币+1,VIP+0):谢谢参与 8-2 10:33
不知道,但关注中...:dnd:
4楼2009-08-02 09:35:08
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