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汕头大学海洋科学接受调剂
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2008116068

木虫 (著名写手)

[交流] 细菌 16S

各位大虾好,我将要做“ 转基因植物对土壤微生物的影响” 这方面的实验,主要是DGGE。 现在正在找合适的引物来做PCR,请给点建议和意见?谢谢!
  另外,16S分区是怎么回事啊?比如V3,V4-V6,V6-V9之类。
非常感谢各位大虾回帖!!!

[ Last edited by 2008116068 on 2009-7-31 at 13:07 ]
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只要踮起脚尖,就离太阳更近一点!!!
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695

木虫 (职业作家)

很想学习下,期待高人
2楼2009-07-31 15:13:43
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2008116068

木虫 (著名写手)

翘首以待啊
只要踮起脚尖,就离太阳更近一点!!!
3楼2009-07-31 21:19:20
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churmi

银虫 (正式写手)

等啊等啊等!
4楼2009-08-01 01:45:17
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xinlai

银虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
amisking(金币+2,VIP+0):欢迎发帖交流! 8-1 09:26
2008116068(金币+1,VIP+0):谢谢回复区,比较详细。不过那几个有什么不同啊? 8-2 17:52
2008116068(金币+1,VIP+0):追送一个啦 8-3 09:39
ssu基因作物分子标记物
本身具有三个特征
1 广泛分布(原核生物100%)
2 相对稳定(16S 小亚基基本不变)
3 物种间有差异
V=variety 变化
通过序列比较可以发现ssu基因有一些区域不宜变化,而变化区域就被命名为V1、V2、V3……V9
关于用哪个区来做DGGE有不少文章
Sanchez, O., J. M. Gasol, et al. (2007). "Comparison of Different Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Primer Sets for the Study of Marine Bacterioplankton Communities." Appl. Environ. Microbiol. 73(18): 5962-5967
Lopez, I., F. Ruiz-Larrea, et al. (2003). "Design and Evaluation of PCR Primers for Analysis of Bacterial Populations in Wine by Denaturing Gradient Gel Electrophoresis." Appl. Environ. Microbiol. 69(11): 6801-6807
不好说哪个引物最好,不过可以参考文献进行。
5楼2009-08-01 09:13:56
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liuzhenhua

新虫 (初入文坛)

我们做土壤微生物一般采用V3区域
6楼2009-08-06 09:08:37
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2008116068

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by liuzhenhua at 2009-8-6 09:08:
我们做土壤微生物一般采用V3区域

可以继续交流吗,期望得到你的指点。我的邮箱是lichunyu206@163.com
只要踮起脚尖,就离太阳更近一点!!!
7楼2009-08-08 14:21:56
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willsmith

至尊木虫 (职业作家)


2008116068(金币+1,VIP+0):谢谢回复 9-27 15:00
这方面的文章好多呢!endnote搜索一下有上万篇之多!免费的也是一大堆!
不同的试验目的使用的引物各不相同!
根据自己的试验,找相似的文章,摸索适合自己试验的引物才是关键。
土壤性质等因素对实验的影响也很大!
Comeon!Transformers!
8楼2009-09-27 11:36:09
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