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positron

木虫 (职业作家)

[交流] 【求助】优化几十个原子体系后怎么得到优化后原子的XYZ的坐标?

优化几十个原子体系后怎么得到优化后原子的XYZ的坐标?

怎么得到这些原子的XYZ坐标?

优化后的体系的坐标怎么提取出来,想用origin或者matlab画图

可是苦于分数坐标的烦恼,哎

拿castep和dmol3说明均可

谢谢啦,晚上学习痛苦啊
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positron

木虫 (职业作家)

引用回帖:
Originally posted by positron at 2009-7-31 01:28:
再顶起啊

用castep计算过后的电子密度文件中

前三列的整数是啥意思啊

盼路过的能解惑

例如
       1       1       1        19.1447072729341
       2       1       1      14.274960750120536
       3       1       1       6.171447008234019
       4       1       1       3.995908074308630
       5       1       1       6.890733022098907
       6       1       1       9.361149654311136
       7       1       1       9.922410246457858
       8       1       1       9.519917027618197
       9       1       1       8.855373250279889
      10       1       1       8.260910847393225
      11       1       1       7.829845446878871
      12       1       1       7.572187835012763
      13       1       1       7.485738953765405
      14       1       1       7.572198016503868
      15       1       1       7.829883576184689

像这种电子密度数据,前面列的意思是啥呢?可有单位?

剩下的金币望能得到这个疑问的热心回答
15楼2009-07-31 23:00:36
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六198

金虫 (正式写手)

★ ★
positron(金币+1,VIP+0):不知道怎么得到坐标,怎么处理啊,盼详细指点 7-30 09:11
wuchenwf(金币+1):谢谢回帖交流
用excel处理一下就行了吧
穷理求真真贯纵横皆入咏致知格物物含妙理总堪寻
2楼2009-07-30 07:50:23
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77585218358

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
positron(金币+5,VIP+0):这个是看到了坐标,怎么得到它,得到3维的坐标还是不知啊 7-30 09:13
wuchenwf(金币+3):谢谢回帖交流
在.xsd文件下——点击右键——label——properties——XYZ
3楼2009-07-30 07:51:42
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77585218358

金虫 (正式写手)

★ ★
positron(金币+2,VIP+0):这个方法上面的帖子中也有说,打开的第六和第八列是坐标,可是原子数不对啊,怎么每一种原子只有一个? 7-30 09:15
还有一种方法是File——EXport——选择PDB格式保存,用Word打开就可以看到个原子坐标。
4楼2009-07-30 08:02:59
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