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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】优化几十个原子体系后怎么得到优化后原子的XYZ的坐标？
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positron

木虫 (职业作家)

[交流] 【求助】优化几十个原子体系后怎么得到优化后原子的XYZ的坐标？

优化几十个原子体系后怎么得到优化后原子的XYZ的坐标？

怎么得到这些原子的XYZ坐标？

优化后的体系的坐标怎么提取出来，想用origin或者matlab画图

可是苦于分数坐标的烦恼，哎

拿castep和dmol3说明均可

谢谢啦，晚上学习痛苦啊
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1楼 2009-07-30 04:58:13
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六198

金虫 (正式写手)
★ ★
positron(金币+1,VIP+0):不知道怎么得到坐标，怎么处理啊，盼详细指点 7-30 09:11
wuchenwf(金币+1):谢谢回帖交流
用excel处理一下就行了吧
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穷理求真真贯纵横皆入咏致知格物物含妙理总堪寻
2楼2009-07-30 07:50:23
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77585218358

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
positron(金币+5,VIP+0):这个是看到了坐标，怎么得到它，得到3维的坐标还是不知啊 7-30 09:13
wuchenwf(金币+3):谢谢回帖交流
在.xsd文件下——点击右键——label——properties——XYZ
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3楼2009-07-30 07:51:42
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77585218358

金虫 (正式写手)
★ ★
positron(金币+2,VIP+0):这个方法上面的帖子中也有说，打开的第六和第八列是坐标，可是原子数不对啊，怎么每一种原子只有一个？ 7-30 09:15
还有一种方法是File——EXport——选择PDB格式保存，用Word打开就可以看到个原子坐标。
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4楼2009-07-30 08:02:59
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positron

木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by 77585218358 at 2009-7-30 08:02:
还有一种方法是File——EXport——选择PDB格式保存，用Word打开就可以看到个原子坐标。

这个方法上面的帖子中也有说，打开的第六和第八列是坐标，可是原子数不对啊，怎么每一种原子只有一个？
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5楼2009-07-30 09:16:31
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positron

木虫 (职业作家)
还有电子密度得到数据，打开后，前三列a,b,c数据都是1到n的整数

这些整数的意义又是啥呢？
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6楼2009-07-30 09:19:33
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77585218358

金虫 (正式写手)
其他方法就不知道了
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7楼2009-07-30 09:25:46
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77585218358

金虫 (正式写手)
★
freshgirl(金币+1,VIP+0):谢谢参与~ 7-31 20:01
不同层数的原子，自己对应着坐标在图中看哈
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8楼2009-07-30 09:47:50
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positron

木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by positron at 2009-7-30 09:19:
还有电子密度得到数据，打开后，前三列a,b,c数据都是1到n的整数

这些整数的意义又是啥呢？

那这个有人知道吗？
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9楼2009-07-30 09:51:50
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positron

木虫 (职业作家)
还有电子密度得到数据，打开后，前三列a,b,c数据都是1到n的整数

这些整数的意义又是啥呢？

在线等前辈指点解惑啊
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10楼2009-07-30 17:30:18
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