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autodock打分第一的结合构象数据怎么分析？
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每个缩写代表啥意思？ 图中clRMS跟refRMS啥区别，哪个是平常所描述的RMSD？（还是说都不是） 图中结合能就是综合静电能、范德华力、疏水作用的打分函数么？ 有文章称，根据药物跟蛋白合晶的xrd数据显示，大多数小分子药物与蛋白结合后张力能＜3kcal/mol。而部分打分高的化合物构象忽略了分子内能，这是其出现差异的一部分因素。这张力能在图中能体现么？ 在这里我忽然想到，我能不能通过autodock某项操作，限制其构象变化在一定的范围内，使其内能变化在合理范围内——即低能。  QQ截图20210214094926.png |
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