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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】DS的minimize和minimization的结果可信吗？
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arthurii

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】DS的minimize和minimization的结果可信吗？

那个简单优化，出来感觉和做高斯优化的结果差的颇大。
想用DS的3DQSAR自动构建药效模型，结构优化用的是DS自带的，但是一直出来的统计参数都比较差。
不知道是使用数据的不足，还是低能结构不佳的问题。
请教下有相关经验的前辈
我初学了一周了，感觉还是没有什么进展……

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:31 ]
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1楼 2009-07-29 15:29:55
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arthurii

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 童心 at 2009-8-8 21:05:
你用mini简单做的结果，哪里能跟高斯长时间的运算比？呵呵。若是要动力学优化，DS里面最好用Standard Dynamics，若你够熟悉，可以把这个程序用protocol里面分开的模块做。各种参数设计你看help文件

分开的模块做？是综合几个不同的优化模块然后人工总结结果吗？我好好研究下先
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3楼2009-08-08 22:08:20
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童心

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
arthurii(金币+5,VIP+0):谢谢！！！受教了！！！ 8-8 22:07
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-8 22:34
你用mini简单做的结果，哪里能跟高斯长时间的运算比？呵呵。若是要动力学优化，DS里面最好用Standard Dynamics，若你够熟悉，可以把这个程序用protocol里面分开的模块做。各种参数设计你看help文件
赞一下(13人) 回复此楼
2楼2009-08-08 21:05:34
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童心

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-9 21:23
arthurii(金币+5,VIP+0):已经试过了 8-10 09:52
引用回帖:
Originally posted by arthurii at 2009-8-8 22:08:


分开的模块做？是综合几个不同的优化模块然后人工总结结果吗？我好好研究下先

不需要分开做，就是把Standard Dynamic里面的步骤分开做，你看Simulation下面有分开的模块，每次都以前面计算结果开始计算。不需要人工总结结果的。呵呵
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4楼2009-08-09 21:15:12
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arthurii

木虫 (正式写手)
已经尝试过了，感觉需要调整的设置很多，是以计算出来的能量作为优化质量的标准吗？这个模块就是把那几个都整合联用了……缓慢的调整尝试ing
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5楼2009-08-10 09:55:46
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