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解析晶体到底有多难？
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差不多转行做晶体这块了 方向目前定为生物大分子的结晶 看了一些文献，上游的蛋白质提取纯化虽然工作量大但技术比较纯熟了 关键步骤就是晶体解析这部分 好像科大和中科院生物物理所做得很好 我是一点基础都没有，比较痛苦 想问下各位做晶体的前辈们 解析这部分有多难 想我这种半路转行的从哪里开始入手比较好？ 谢谢各位了！ |
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yalefield
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连小施这个奥赛冠军都会错咯
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Science最新发表的论文证明施一公的Science论文的确错了 方舟子 2009年7月16日Science网站发表美国俄勒冈健康与科学大学Eric Gouaux实验室（同样属“生命科学领域的最高荣誉之一”HHMI）的一篇论文，该论文以较高的分辨率解析出了ApcT蛋白质晶体结构。这个蛋白质的氨基酸序列和功能与施一公解析的AdiC相似，通过比较两个蛋白质晶体结构，Gouaux论文的观点与Miller在Nature发表的论文的结论一样，认为施一公的晶体结构搞错了一圈，导致许多氨基酸残基，包括一些关键的氨基酸残基，都不在正确的位置上。 Paul L. Shaffer, April Goehring, Aruna Shankaranarayanan, and Eric Gouaux Structure and Mechanism of a Na+ Independent Amino Acid Transporter Published online July 16 2009; DOI: 10.1126/science.1176088 Science Express Reports "The arginine/agmatine antiporter from Escherichia coli(19) (AdiC) is a member of the APC transporter family. Recently Gao et al. reported its crystal structure (25). Because ApcT is related to AdiC in amino acid sequence and in biochemical function, we compared our structure of ApcT, determined at 2.35 A resolution, to the structure of AdiC, solved at ~3.6 ? resolution (PDB code 3H5M). As anticipated from the relationships in amino acid sequence, the protein folds of ApcT and AdiC are similar. We found significant discrepancies, however, between the superpositions of the ApcT and AdiC structures and the independently aligned amino acid sequences in the transmembrane segments 6, 7, and 8 (figs. S11 and S12). Analysis of the structures and the sequence alignments leads us to conclude that in the AdiC structure, in the regions of TMs 6, 7, and 8 and perhaps to the C terminus, the amino acid sequence is off register by several amino acid residues relative to ApcT, beginning at the “loop” between TMs 5 and 6. This means that many residues after the end of TM5, including key residues such as Glu208, Tyr239 and Trp293, are “frame shifted” by ~4 residues or about one turn of a-helix (25) (figs. S11 to S13). Because of this frame-shift, we have not used the AdiC structure in our analysis of APC transporters." 、 |
2楼2009-07-28 19:26:26
3楼2009-07-28 19:42:33
huahua1216
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4楼2009-07-28 20:15:56
eezyzyzzzee
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herbxx(金币+2,VIP+0):说得好！ 7-29 11:32
herbxx(金币+2,VIP+0):说得好！ 7-29 11:32
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参考：http://15151.5d6d.com/thread-2676-1-1.html 回应不少同行的要求， 现特将自己对稍难解的晶体结构解析的看法与经验 捧出与各位同行好友交流． 其实我是菜鸟，并没有自作多情地欲以高手自居，请各位别勿解 做晶体几年来，我只是觉得科研气氛并不融洽也不健康 资源并不互补 我曾经在想：学一样东西到底有多难呢， 比如像我们做小晶体的，要学的东西不外乎就是磁性，荧光，拓扑，结构解析，吸附，铁电，非线性，量化． 这些很难么，其实并不难，只是很多人把其纸老虎化了 那么要想学会这些又有什么办法比较快呢 因为时间有限呀，要学会这么多东西，总得找到最优化的路径 (没有必要全部会学,学几样自己要用的,就可以了) 我也试着到网络上找资料， 基本上可以找到相关资料，认真研读这些资料自己也完全可以学会 但对大部分人来说这时间上耗不起 我觉得交流总结才是重要的， 那些会的人做个ＰＰＴ，做个视频 不会的人就容易上手得多 可是很难找到相关的精品 不少人好不容易学会了,也是舍不得奉献于别人的 这也许叫着知识产权, 我不知道好不好,但至少对整体科学的发展是不好的 研究竞争的领域应该是急待开发的未知域,而不是靠前人创造的资料域 我很敬重那些不为一己之私,乐于奉献,乐于助人的同仁 如果方便的话, 我也会继续做些其他方面的视频与总结之类的资料与大家交流 目的就是节省大家学习的时间 |
5楼2009-07-29 03:18:11
6楼2009-07-29 07:56:47
xi2004
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7楼2009-07-29 09:04:08
yalefield
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