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饿的神啊

新虫 (著名写手)

[求助] 预测蛋白的全长CDS扩增 已有1人参与

用NCBI上公布的预测蛋白的DNA序列作为模板,设计了用于扩增全长CDS的引物,TA克隆后随机挑了3个克隆测序,结果比模板多出将近200bp,除去多出的序列,别的都能比对上,但是翻译成氨基酸的时候有很多终止密码子,最长的ORF(frame3)比模版对应的少近30aa。
我的目的是扩增全长CDS,用于构建载体,这种情况下,我应该以NCBI上的预测序列为参考,还是实际测序所得序列(3个克隆间序列100%一致),求各位解惑!

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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你克隆模板是DNA还是mRNA?终止密码子肯定有问题。而且密码子有很多系列
2楼2021-01-22 12:06:59
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