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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » R » R语言请教
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上网学习1

新虫 (初入文坛)

[交流] R语言请教 已有1人参与

各位老师大家晚上好，我是R语言小菜鸡，最近在学习用R语言进行数据分析，在进行以下运算时，最终tested2数据中得到的矫正P值都是相同的数值，请问下面的代码有问题吗？
CODE:
fit<-lmFit(eset,design)
contrast.matrix<-makeContrasts(EPvsCO = EP-CO,levels = design)
fit2<-contrasts.fit(fit,contrast.matrix)
fit2e<-eBayes(fit2)

tested2<-topTable(fit2e,adjust="fdr",number = Inf,sort.by = "B",coef = 1)

如果没问题的话，那什么原因会出现图中的问题呢？


希望各位老师不吝赐教~~
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1楼 2021-01-06 20:20:19
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上网学习1

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by bcsnow at 2021-01-07 09:25:27
没有数据，没有包，没有函数，假设前面三个都没问题的话，代码没有问题。没有图，看不到问题，我猜是数据的具体特点造成的。

谢谢，昨天完善又重新梳理了一下，计算出来的矫正P值不是都一样的，但都大于0.05，这样的话，是不是这个数据集就没办法寻找差异基因了？
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4楼2021-01-07 10:49:52
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上网学习1

新虫 (初入文坛)
没法插入图片，~~~图片中的内容就是，Pvalue的数值不同，但adj.p.value都是一样的数值
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2楼2021-01-06 20:21:22
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bcsnow

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
没有数据，没有包，没有函数，假设前面三个都没问题的话，代码没有问题。没有图，看不到问题，我猜是数据的具体特点造成的。
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3楼2021-01-07 09:25:27
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bcsnow

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不清楚你的数据和背景，一般来说p值大于0.05说明接受H0拒绝H1。
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5楼2021-01-08 08:24:36
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