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上网学习1

新虫 (初入文坛)

[交流] R语言请教 已有1人参与

各位老师大家晚上好,我是R语言小菜鸡,最近在学习用R语言进行数据分析,在进行以下运算时,最终tested2数据中得到的矫正P值都是相同的数值,请问下面的代码有问题吗?
CODE:
fit<-lmFit(eset,design)
contrast.matrix<-makeContrasts(EPvsCO = EP-CO,levels = design)
fit2<-contrasts.fit(fit,contrast.matrix)
fit2e<-eBayes(fit2)

tested2<-topTable(fit2e,adjust="fdr",number = Inf,sort.by = "B",coef = 1)

如果没问题的话,那什么原因会出现图中的问题呢?


希望各位老师不吝赐教~~
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上网学习1

新虫 (初入文坛)

没法插入图片,~~~图片中的内容就是,Pvalue的数值不同,但adj.p.value都是一样的数值
2楼2021-01-06 20:21:22
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bcsnow

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
没有数据,没有包,没有函数,假设前面三个都没问题的话,代码没有问题。没有图,看不到问题,我猜是数据的具体特点造成的。
3楼2021-01-07 09:25:27
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上网学习1

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by bcsnow at 2021-01-07 09:25:27
没有数据,没有包,没有函数,假设前面三个都没问题的话,代码没有问题。没有图,看不到问题,我猜是数据的具体特点造成的。

谢谢,昨天完善又重新梳理了一下,计算出来的矫正P值不是都一样的,但都大于0.05,这样的话,是不是这个数据集就没办法寻找差异基因了?
4楼2021-01-07 10:49:52
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bcsnow

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不清楚你的数据和背景,一般来说p值大于0.05说明接受H0拒绝H1。
5楼2021-01-08 08:24:36
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