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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请教NPT系综模拟生物膜问题
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】请教NPT系综模拟生物膜问题

用NPT系综模拟膜在不同溶剂中的变形问题。
控温选择Nose，控压选择Anderson,为什么模拟以后盒子两侧的水都散了啊？我看文献上的模拟水几乎都是不动的啊 ？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:28 ]
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
1楼 2009-07-26 13:03:03
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-7-26 21:07:
好久没用MS 了，手头机器上也没有安装
你找找右键里面有没有view 或draw style 类似的菜点，然后找边界条件的显示，都试试看。
进行动力学计算的时候，大都是在周期边界下进行的。你给出的两个图片是完全相同的 ...

专家。。。我找了半天还是没找到
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
6楼2009-07-27 12:08:46
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-27 09:45
这和周期边界条件的设置有关。
你是在用MS 中的Discover 或Fic*** 么，右键点view 还是什么，可以设置
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3楼2009-07-26 16:12:27
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-7-26 16:12:
这和周期边界条件的设置有关。
你是在用MS 中的Discover 或Fic*** 么，右键点view 还是什么，可以设置

专家，我是在用MS里的mesocite，我完全是按照help里的例子来的，只是体系不同。。。
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
4楼2009-07-26 18:45:15
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-27 09:45
好久没用MS 了，手头机器上也没有安装
你找找右键里面有没有view 或draw style 类似的菜点，然后找边界条件的显示，都试试看。
进行动力学计算的时候，大都是在周期边界下进行的。你给出的两个图片是完全相同的，只是显示方法不同而已。
赞一下(11人) 回复此楼
5楼2009-07-26 21:07:29
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