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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » HMMER软件hmmsearch报错无法打开序列Failed to open sequence file怎么办
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卧胜于坐

新虫 (小有名气)

[求助] HMMER软件hmmsearch报错无法打开序列Failed to open sequence file怎么办 已有2人参与

用hmmer对拟南芥蛋白某家族构建了隐马尔可夫模型hmm文件，然后下载了目标物种的蛋白序列文件，运行
> .\hmmsearch 基因名.hmm 文件名.fa>基因名.out

结果报告：
Failed to open sequence file 文件名.fa>基因名.out for reading

无法生成.out文件
fa后缀换成fasta不行，下载了embl格式的txt也不行，哭了
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1楼 2020-12-14 10:15:37
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灵素古今

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

内容已删除
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2楼2020-12-30 13:35:55
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

肯定不是后缀名的问题，你把这个fa文件拖进记事本里看看什么样子？最好截个图发上来。

如果文件太大，记事本打开会有困难。那就下载一个ultraEdit或者gVIM打开
赞一下 回复此楼
3楼2021-01-05 10:17:30
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