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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】并行与体系大小的关系
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glai8818

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】并行与体系大小的关系

时间太久了, 结束求助!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:28 ]
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1楼 2009-07-25 17:07:02
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glai8818

木虫 (著名写手)
我用的是Gromacs，单机四核并行，并行的目的肯定是为了算大体系，问了很多人，不知道是怎么回事
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.....
3楼2009-07-25 21:09:24
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查看全部 6 个回答

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
glai8818(金币+1,VIP+0): 7-26 20:48
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-27 09:45
你用什么软件
我遇到的情况和你正好相反，小体系效率发挥不出来，可能与网络间通讯有关
软件namd
1k atoms 用PC
10k-30k atoms 用8核服务器
100k atoms 以上用20核的ppc 集群
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2楼2009-07-25 17:34:23
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木子海

金虫 (正式写手)
★
glai8818(金币+1):谢谢参与
要看看是不是网络的问题哦
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4楼2009-07-26 13:58:17
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glai8818

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 木子海 at 2009-7-26 13:58:
要看看是不是网络的问题哦

我是单机四核啊
经过这几天试探，感觉应该是负载(不)平衡引起的, load balancing用掉的时间好像太高, 达30%, 负载平衡这一项高是由什么引起的？与体系的大小有什么联系？很奇怪这时候为什么cpu只运行70%左右？如何解决? 我以前没有试过并行，请问用过并行的朋友，这是以前版本就有，还是4.0版以后才有的，我的单核运行不管是什么版本都没有这一项，是不是3.3并行不会产生这个问题？

并行正常的情况：
Average load imbalance: 3.4 %

并行不正常的情况：
Average load imbalance: 29.2 %

[ Last edited by glai8818 on 2009-7-27 at 13:04 ]
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.....
6楼2009-07-26 20:46:29
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