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yy0520yy

金虫 (职业作家)

[交流] dianmond 画图时晶胞老是包含很多分子,跟Z值不一样,怎么调整?

dianmond 画图时晶胞老是包含很多分子,跟Z值不一样,怎么调整?还有拍拍作用怎么花啊?C-H派作用呢?
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★
yy0520yy(金币+1):谢谢参与
yy0520yy(金币+2,VIP+0):谢谢! 7-26 14:17
对DIAMOND的使用也不熟悉, 但Diamond其实很简单.
现学现卖.
我用的是Diamond3.0

在你open file后, 一步步地选择"下一步"下来, 就会有一页, 要你就"Primary atom creation"做出选择.
我认为选 "creating packing diagram""Fill cell range with" 都可以获得你想要的一个单胞内的分子.


但接下来的, "additional atom creation", 我认为还是应该把"complete molecular fragem"打勾.

那么, 为何楼主dianmond 画图时晶胞老是包含很多分子,跟Z值不一样呢?

那是因为实际上, 一个单胞里往往并不总是包含完整的分子, 也就是说经常分子都是跨单胞的. 有些分子经常只有一点点在你所画的单胞里, 而大部分在下一个单胞.
如果把"complete molecular fragem"打勾了, 那么这个分子就是完整的, 但大部分在单细胞外. 于是就显得晶胞老是包含很多分子,跟Z值不一样了.

解决办法: 删!
diamond里可以很方便地用鼠标选上原子,删除.


说明一下, 并不是在open file时有这些选项.
在画图过程中, 你也可以通过
picture---> new picture--->  然后一直选"下一步" 而不是"完成"来进行选择的. 画单个分子也是一样, 当然更方便的是直接点下面那个图标.
xi2004-emuch@163.com
4楼2009-07-26 12:42:10
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fengqian2004

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
waiy2001(金币+1,VIP+0):呵呵,谢谢 7-25 18:40
eeqeeq0002(金币+2,VIP+0):谢谢参与 7-25 20:58
我看了比较好的文章,对于聚合物,对这一点要求不高,只要把中心原子的配位环境描述清楚即可,配体的数目说清楚即可
痛并快乐着
2楼2009-07-25 17:34:15
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john_33

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by fengqian2004 at 2009-7-25 17:34:
我看了比较好的文章,对于聚合物,对这一点要求不高,只要把中心原子的配位环境描述清楚即可,配体的数目说清楚即可

好像有点答非所问。对DIAMOND的使用也不熟悉,特别希望有人来讲一下
要设定目标,但不要设置期限
3楼2009-07-26 10:05:27
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