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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】研究蛋白质复合物的相互作用情况，用对接还是用分子动力学？
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anquren

金虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】研究蛋白质复合物的相互作用情况，用对接还是用分子动力学？

现在的情况是，蛋白质A与蛋白质B是同源蛋白质，同源性40%。数据库中已经有A与蛋白质C的复合物晶体结构，目前打算研究蛋白质B与蛋白质C相互作用。请问该用分子对接还是用分子动力学模拟方法？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:08 ]
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1楼 2009-07-23 14:49:55
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haiou.231

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-27 09:56
可以把工作做系统些，两者都用
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2楼2009-07-23 21:53:27
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bioinflab

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-27 09:56
应该先叠合之后，再做动力学吧？
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3楼2009-07-25 10:01:24
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-27 09:56
metaPPI is a web server for protein-protein interaction binding site prediction!

网站：http://scoppi.biotec.tu-dresden.de/metappi/

论文：Bingding Huang and Michael Schroeder(2008), Using protein binding site to improve protein-protein docking Gene, Epub 1;422(1-2):14-21.
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-07-25 11:31:40
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
楼上的，资源不错，我发现你好象什么都懂。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
5楼2009-07-25 14:44:42
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-27 09:57
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-7-25 14:44:
楼上的，资源不错，我发现你好象什么都懂。

日子不好过
知识来凑合
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6楼2009-07-25 20:40:09
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anquren

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by haiou.231 at 2009-7-23 21:53:
可以把工作做系统些，两者都用

你好！你的建议是先做对接，再做动力学吗？
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7楼2009-07-28 07:58:51
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-25 20:40:


日子不好过
知识来凑合

呵呵，大家多凑合凑合，这年头需要就是玩综合实力，蜻蜓点水-广而不深。
赞一下(1人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2009-07-29 07:01:20
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-8 22:32
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-7-29 07:01:
呵呵，大家多凑合凑合，这年头需要就是玩综合实力，蜻蜓点水-广而不深。

蜻蜓点水，到处留情
广种薄收，传递火种
漫天遍野，雷电雨霆
星星点点，燎原传承
赞一下(11人) 回复此楼
9楼2009-07-29 09:21:08
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童心

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-8 22:32
先叠合，再动力学优化计算，然后计算interaction
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10楼2009-08-08 21:06:38
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