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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】【求助】输出出错
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lsq_phi

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】【求助】输出出错

新手求解：哪位能帮我看一下是什么问题？是计算机内存不够么？（前面有一步构型优化）分子是2-氰基呋喃。谢谢！

--------------------------------------------------
# B3LYP/6-311++g(3df,3pd) geom=allcheck guess=read
--------------------------------------------------

Warning!  SCF SP cutoffs with diffuse functions may be unreliable.
Consider SCF=Tight

1/29=7,38=1/1;
2/40=1/2;
3/5=4,6=6,7=1616,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2,32=1,38=6/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
99/5=1,9=1/99;
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20502 Len=          50 IPos=       20000 Q=         21128544


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    14 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =      826880 FType=2 FMxFil=10000

Number           0        501        502        598        989        991        992        993
Base        385536     303104     310784     333312     304128     307200     306688     302592
End         826880     304104     332834     333314     306628     310481     306693     302692
End1        826880     304128     333312     333824     306688     310784     307200     303104
Wr Pntr     385536     303104     310784     333312     304128     307200     306688     302592
Rd Pntr     385536     303104     310784     333312     304128     310481     306693     302692
Length      441344       1000      22050          2       2500       3281          5        100

Number         994        995        996        997        998        999
Base         20480     302080      21504      22016      20992     333824
End          20510     302090      21604     302022      21042     385076
End1         20992     302592      22016     302080      21504     385536
Wr Pntr      20480     302080      21504      22016      20992     333824
Rd Pntr      20510     302090      21604     302022      21042     335076
Length          30         10        100     280006         50      51252


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =     1 SizExt =         0 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =       66048 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base         20480
End          66048
End1         66048
Wr Pntr      20480
Rd Pntr      20480
Length       45568


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       66048 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base         20480
End          66048
End1         66048
Wr Pntr      20480
Rd Pntr      20480
Length       45568
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
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1楼2009-07-22 18:47:19
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-27 10:06
不是内存问题，是硬盘空间问题
建议看看高斯说明书中关于rwf的解释，很短的解释，看看就会了
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2楼2009-07-22 18:50:53
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-27 10:06
FileIO operation on non-existent file看看你这个chk文件的名字对不?
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3楼2009-07-22 19:42:14
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-27 10:06
3楼说的对，应该是*.chk文件名不对。
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愿好运与快乐伴随你！
4楼2009-07-22 20:41:36
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lsq_phi

木虫 (著名写手)
谢谢！关于硬盘空间问题，我看了用户手册，说的那些还是不太明白...觉得好像只说了内存控制，磁盘的问题还是不懂...不好意思很菜，能否说得更细一些？谢谢！
关于.chk文件，我检查了没有问题啊...
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5楼2009-07-22 21:19:31
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 7-27 10:09
跨磁盘分割scratch 文件
对于在两个或更多磁盘（或文件系统中）上分割读写文件，积分文件，和/或积分导数文件，提供了可选的语法。下面是%RWF命令的语法：
%RWF=loc1,size1,loc2,size2,…
其中的每个loc是目录位置或文件路径名，每一个size是该目录中文件片段的最大尺寸。
Gaussian将对任何定义目录的loc自动产生唯一的文件名。在UNIX系统中，目录说明（不包含文件名）必须在末尾包含斜线“/”。
默认的尺寸以字节为单位；数值后可以接KB，MB或GB（中间不插入空格）分别表示KB，
MB或GB，或接KW，MW或GW，分别表示千位，兆位或吉位。注意1 MB=10242位=1,048,576位（而不是1,000,000位）。
值-1接任何尺寸参数表示使用所有可用的空间，0值表示使用当前磁盘分区的空间。-1
仅对最后指定的文件是有用的，在这种情况下是默认的。
例如，下面的指令把读写文件分割到三个磁盘中：
%RWF=/Dalton/s0/,60MW,/scratch/,800MB,/temp/s0/my_job,-1
文件片段的最大尺寸分别是480 MB，800 MB，和无限制。Gaussian将对前两个片段产生文件名，第三个的名称给定为my_job。注意目录说明的末尾包含斜线。
由于目前UNIX设备的限制，使用-1需要当心，因为它可能把一个文件片段延伸，超过系统所有剩余的磁盘空间；它的另一个作用是防止使用保存在列表中的任何附加的文件片段。
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6楼2009-07-23 09:01:32
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-27 10:09
%RWF=位置1, 尺寸1,位置2,尺寸2,...
用于在两块或更多的磁盘（或文件系统）中分割读写文件的一种语法。每个位置之后接该位置存储的文件片段最大尺寸。每个尺寸的默认单位是位；数值后还可以接单位KB，MB，GB，KW，MW或GW (中间没有空格)。如果尺寸参数为-1，表示使用该位置所有可用的空间，如果尺寸为0，表示已存在的片断应保持其现有大小。位置可以是目录位置，也可以是完整的路径名。
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7楼2009-07-23 09:04:07
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-27 10:09
对了，你是不是在命令行中用了restart了？

下面是gaussian官网的论坛的帖子

Quote:
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

This could mean various things, I had it once when I tried an invalid calculation but it could also mean that you're out of disk space (i.e. check wether you have a disk quota on the machine and where it puts its temporary files).
Maybe you also want a bit more options with your command. At least add the word "Test" behind it, so that all the data on the calculation will not be stored. also a "maxcyc" keyword will help you contain your calculation if it decides to run out of hand. A good book to start with is "Exploring chemistry with electronic structure models" by James B. Foresman and Aeleen Frisch (Gaussian inc.) You may also want to check the gaussian site itself, since it contains an extensive help on how to correctly use commands.

你应该提供更多信息来让大家帮你，比如输入文件的全文
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8楼2009-07-23 09:12:00
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lsq_phi

木虫 (著名写手)
非常感谢！下面是输入文件
%chk=C6H60 SMF H 6-311G B3LYP
# opt=(calcall,maxcycle=110) freq b3lyp/6-311g(d,p) geom=connectivity

C6H60 SMF H 6-311G B3LYP

0 1
C
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
O                  4              B4    3              A3    2              D2
H                  2              B5    1              A4    5              D3
H                  3              B6    2              A5    1              D4
H                  4              B7    3              A6    2              D5
C                  1              B8    2              A7    3              D6
C                  9              B9    1              A8    2              D7
H                  9             B10    1              A9    2              D8
H                 10             B11    9             A10    1              D9
H                 10             B12    9             A11    1             D10

   B1             1.37958200
   B2             1.44803021
   B3             1.37969346
   B4             1.39528573
   B5             1.08579142
   B6             1.08574477
   B7             1.08539313
   B8             1.54000000
   B9             1.32591600
   B10            1.09826310
   B11            1.09826653
   B12            1.09826310
   A1           106.64330099
   A2           106.58795128
   A3           110.12347002
   A4           127.73516782
   A5           125.64408678
   A6           135.43587107
   A7           135.46441067
   A8           122.71594253
   A9           114.56607753
   A10          122.71594252
   A11          122.71797992
   D1            -0.00385648
   D2            -0.00336134
   D3          -179.99730139
   D4          -180.00000000
   D5          -180.00000000
   D6           180.00000000
   D7          -180.00000000
   D8             0.00000000
   D9          -180.00000000
   D10            0.00000000

1 2 2.0 5 1.0 9 1.0
2 3 1.0 6 1.0
3 4 2.0 7 1.0
4 5 1.0 8 1.0
5
6
7
8
9 10 2.0 11 1.0
10 12 1.0 13 1.0
11
12
13

--Link1--
%chk=C6H6O SMF H 6-311G B3LYP
# b3lyp/6-311++g(3df,3pd) geom=allcheck guess=read

C6H6O SMF H 6-311G B3LYP

0 1
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9楼2009-07-23 19:47:54
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-27 10:09
如果是使用Linux平台的话， 不需要设定文件大小分割的问题。

你确定你的基组选择没有问题吗？

Warning!  SCF SP cutoffs with diffuse functions may be unreliable.
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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
10楼2009-07-23 20:09:38
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