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hainu_carl新虫 (正式写手)
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AutoDock对接 已有3人参与
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本人对AutoDock不是很熟，最近想把一个小分子对接到含底物结构的蛋白上，不知道autodock能不能实现这样？也就是说那个蛋白不仅仅只有氨基酸，还有底物这个分子；我在实操过程中通过file>save来write pdbqt遇到ERROR: Cannot creat the PDBQT file, all atoms do not have an autodock_element field. 不知是autodock本身不能这么做还是我哪里出了问题。还望发家多多指导，先谢谢大家了 发自小木虫Android客户端 |
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2楼2020-10-03 19:56:05
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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不能，而且原则上，一个蛋白的最优活性口袋只有一个，在已经被配体占据的情况下，很难再结合另一个，这正是酶或者功能性蛋白的特异性。不知道题主这种对接的意义何在 发自小木虫Android客户端 |
3楼2020-10-04 01:27:08
hainu_carl
新虫 (正式写手)
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4楼2020-10-04 06:28:35
5楼2020-10-11 20:57:54