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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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hainu_carl

新虫 (正式写手)

[交流] AutoDock对接 已有3人参与

本人对AutoDock不是很熟,最近想把一个小分子对接到含底物结构的蛋白上,不知道autodock能不能实现这样?也就是说那个蛋白不仅仅只有氨基酸,还有底物这个分子;我在实操过程中通过file>save来write pdbqt遇到ERROR: Cannot creat the PDBQT file, all atoms do not have an autodock_element field.
不知是autodock本身不能这么做还是我哪里出了问题。还望发家多多指导,先谢谢大家了

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hazheng

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2楼2020-10-03 19:56:05
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吃书少年

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不能,而且原则上,一个蛋白的最优活性口袋只有一个,在已经被配体占据的情况下,很难再结合另一个,这正是酶或者功能性蛋白的特异性。不知道题主这种对接的意义何在

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3楼2020-10-04 01:27:08
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hainu_carl

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 吃书少年 at 2020-10-04 01:27:08
不能,而且原则上,一个蛋白的最优活性口袋只有一个,在已经被配体占据的情况下,很难再结合另一个,这正是酶或者功能性蛋白的特异性。不知道题主这种对接的意义何在
...

在底物和NAD的基础上再上另外一个小分子,目的不是对接在活性中心

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4楼2020-10-04 06:28:35
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


一个蛋白可以同时对接多个化合物,特别是含有NADH辅酶的蛋白,这些需要对接多个,autodock可以完成
5楼2020-10-11 20:57:54
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